据说，沈万三富起来后，把苏州作为重要的经商地，他曾支持过平江(苏州)张士诚的大周政权，张士诚也曾为沈万三树碑立传。明初，朱元璋定都南京，沈万三因筑城墙有功，他的两个儿子被朱元璋封了官。但不久，沈万三却被朱元璋发配充军，在云南度过了他的馀生。
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1979年修订本《辞源》记载：“沈万三，明吴兴人，字仲荣。后移居苏州。巨富，称江南第一家。朱元璋建都南京，召见，令岁献白金千锭，黄金百斤。甲马钱谷，多取资其家。其后以罪发戍云南(一说辽阳)，子孙仍为富户。万三豪富事，民间传说甚盛，但诸书记载互有出入，已难详定。”
民间普遍流传的说法是，朱元璋开始并没有找到沈万三什么罪证，沈万三的致富似乎并没有什么违法行为。
沈万三大概也明白树大招风的道理，所以想主动报效以保平安。
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明洪武六年(1373)前后，当他得知京师(今南京)要筑城墙，就主动承担三分之一的费用，修筑洪武门至水西门一带城墙，还向朱元璋进贡了龙角，并献有白金二千锭，黄金二百斤，甲士十人，甲马十匹，同时在南京建造了廊庑一千六百五十四楹，酒楼四座。
此外，沈万三甚至还表示愿意捐资犒赏军士。谁知朱元璋大发雷霆，要将沈万三处死：一个平民百姓竟敢劳军，这不是要造反吗?
幸亏马皇后劝阻：我听说法律只杀违法的，不杀不吉祥的。
沈万三一介平民却富可敌国，是他自己不吉祥，这种人老天爷会降下灾祸，何必由陛下去杀呢?朱元璋这才免他一死，发配云南。沈家的财产自然全部被查抄，据说光田地就有数千顷。
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沈万三是因为太有钱被朱元璋嫉妒死的吗
传说中的江南首富沈万三，他富得让朱元璋都垂涎，以至于招来杀身之祸，家破人亡。