1937年，随着七七事件爆发，掀起了一阵全国人民抗日的热潮，不少进步人士不远万里奔赴延安，加入到了抗日的队伍里。国民党担心共产党日益壮大后不好对付，于是也成立了一个叫做“战干团”的组织，这个组织任命桂永清为教育长，打着抗日救国的口号，招收了大批爱国青年，对他们进行法西斯似的教育和训练，试图给他们洗脑，将他们变成反共的利器。
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1938年10月，国民党迁移到了当时作为陪都的重庆，“战干团”自然也随之前往，为了调节旅途氛围，也为了更好地向群众宣扬爱国抗日思想，学员们自发排练话剧，为沿途百姓表演，对此，桂永清也很赞赏。
到了重庆之后，“战干团”驻扎在綦江附近，特务连也驻在离他们不远的兴隆场。学员们在接受训练的同时，依然坚持排练话剧，为百姓表演，于是桂永清批准他们成立了一个话剧团，这是件好事，可以以群众容易理解的形式宣传抗日。当时学员们沉浸在兴奋中，谁也没料到，就是这个话剧团的成立，间接为“綦河惨案”埋下了引子。
1939年底，话剧团编排了一出新话剧《杨秀清之死》，次年1月，新话剧已经成型，话剧团便经常在附近各种公开场合表演，受到了群众的一致好评。这部话剧有一个很应景的主题，它借着太平天国失败的故事，向大家宣传要团结抗日的思想，这个主题正好是共产党在宣传的核心内容。附近的特务连向桂永清汇报了此事，说剧团宣扬共党思想，他们之中一定有共产党。
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刚好这个时候，附近一个学校的进步老师和学生会在街上张贴一些关于打军阀、打土匪和抗日的标语，在国民党特务眼中，这些就是共产党干的。于是这个黑锅，也被华丽丽地扣在了话剧团身上，国民党特务就用这两个理由，便笃定了话剧团成员的共党身份，完全不做任何调查，就处死了二十多个无辜的成员。事情远远没完，这还只是开始而已!
四月时，一个叫做李可林的学员因不堪忍受他们的训练，找机会逃跑了。这个学员平日里跟话剧团交往比较密切，因此他的出逃又引起了特务的疑心。特务将一个跟李可林私交甚密的学员关押起来，对他进行严刑拷打，这名学员扛不住各种刑法，被屈打成招，“承认”了自己与话剧团私下有来往，特务还不满足，继续施刑，还给他灌酒，这名学员在昏昏然然的情况下，又“承认”了自己的共党身份，还牵扯出一批“同党”。
国民党上峰很满意这个效果，给特务们褒奖了六千多经费，作为他们继续清除共党的花销。特务们于是更加丧心病狂地搜捕共党。凡是一切写过抗日文章、诗歌，做过共党抗日主张宣传，和话剧团有过来往，不满组织吞并自己私人物件，评论过《杨秀清之死》的人，无一幸免，通通都被抓去严刑拷打。特务们手段残忍，棒打、鞭抽，电击这些手段不在话下，更甚至还挖眼睛挖鼻子，实在是骇人听闻。很多学员不堪重刑，纷纷“招供”出“同党”。在这样的情况下，遭到牵连的人越来越多，被招供出的“共党”一律被特务秘密处死，要么被活埋，要么被捆上石头沉塘，要么被用乱刀戳死。
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有少数侥幸逃脱的学员把这事传了出去，通过《新华日报》披露了出来，一时间举国哗然，大家纷纷控诉批判国民党残忍迫害青年学生的行为，国民党迫于舆论压力，下令彻查，然而处理的结果完全是敷衍，身为“战干团”直接领导人的桂永清，身为此次惨案始作俑者的特务头头，都以降职或者惩办的幌子，调任他职，唯一有实质性的举措就是释放无辜学员，慰问伤残学员，对那些被残忍杀害的学员却只字未提。
在这次惨案中，在册可查的有210多人，没有在名册上的有50多人，因受刑而残废的有40人。但令人发指的是，军政厅办理此案的周振强上报的被害学员数只有20个，其他被害学员都被他用逃跑、开除等借口分期上报。
直到上世纪七。八十年代，綦江附近的百姓开发土地，还不断挖出一堆又一堆的森森白骨，无一不在昭示着国民党曾经犯下的滔天罪行。