按理说，几千年前的墓葬处理技术在现今如此发达的科技面前应该只是小儿科，难道是有人在发掘过程中发现了有关秦始皇的惊天内幕?或者上面有人在刻意隐藏我们不为人知的真相?谜团一：幽幽地宫深几许?据最新考古勘探资料表明：秦陵地宫东西实际长260米，南北实际长160米，总面积41，600平方米。秦陵地宫是秦汉时期规模最大的地宫，其规模相当于5个国际足球场通过考古钻探进一步证实，幽深而宏大的地宫为竖穴式。
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司马迁说穿三泉，《汉旧仪》则言已深已极。说明深度挖至不能再挖的地步，至深至极的地宫究竟有多深呢?谜团二：地宫设有几道门?秦陵地宫门道数量问题，其实《史记》中似乎早有答案。只是未引起学者们的重视罢了。《史记》清楚的记载：大事毕，已藏，闭中羡，下外羡门，尽闭工匠藏，无复出者。棺椁及随葬品全部安置放在中门以内。
谜团三：上具天文作何解释?秦陵地宫上具天文，下具地理的记载出自《史记》，其含义是什么?着名考古学家夏鼐先生曾推断：上具天文，下具地理应当是在墓室顶绘画或线刻日、月、星象图，可能仍保存在今日临潼始皇陵中。近年来，西安交大汉墓发现了类似于天文地理的壁画。上部是象征天空的日、月、星象，下部则是代表山川的壁画。谜团四：地宫埋水银之谜始皇陵以水银为江河大海的记载见于《史记》，《汉书》中也有类似的文字。
然而，陵墓中究竟有没有水银始终是一个谜。现代科技的发展为验证秦陵地宫埋水银这一千古悬案提供了必要的前题条件。谜团五：地宫珍宝知多少?奇器珍怪徙藏满之一语出自司马迁笔下。早于司马迁的大学者刘向也曾发出过这样的深切感叹：自古至今，葬未有如始皇者也。那么，这座神奇的地宫珍藏了哪些迷人的珍宝呢?谜团六：秦陵地宫有无飞雁之谜据《三辅故事》记载，楚霸王项羽入关后，曾以三十万人盗掘秦陵。
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在他们挖掘过程中，突然有一只金雁从墓中飞出，一直朝南飞去。斗转星移过了几百年，有一位三国太守张善还见到了这只金雁。谜团七：秦始皇使用铜棺还是木椁?秦始皇使用什么样的棺椁?《史记》、《汉书》均未明确记载。司马迁只留下一句下铜而致椁的含糊记录。于是有学者据此得出秦始皇使用的是铜棺。谜团八：地宫有没有空间?目前考古勘探表明，秦陵地宫为竖穴式。墓内可能有黄肠题凑的大型木椁。如果是竖穴木椁墓，墓道及木椁上部都以夯土密封。这样一来，墓室内外严严实实，不会再有空间。谜团九：秦始皇遗体完好吗?20世纪70年代中期长沙马王堆汉墓女尸的发现震惊中外。
其尸骨保存之完好举世罕见。由此，有人推测秦始皇的遗体也会完好地保存下来。虽然客观上具备保护遗体条件，但秦始皇遗体是否完好地保存下来呢?谜团十：自动发射器?早在两千多年以前，人们就开始在墓穴中设置一些主动防卫的设施，既起到射杀盗墓者的目的，又能杀一儆百，吓唬有盗墓企图的人。而秦始皇在防止盗墓方面也苦费心机。
谜团十一：兵马俑伉被焚之谜考古人员在清理兵马俑坑时发现，一、二号坑中有很多火烧的痕迹，陵区有大面积的火烧土分布，同样考古人员在对秦陵陪葬坑的挖掘中也发现了大量火烧土和残余焦木，坑中的棚木基本上都被化为灰烬。谜团十二：兵马俑诅咒之谜在秦末乱世，秦始皇兵马俑军团原型的秦京师军下落不明，至今无从解答。另据野史记载，曾经击垮了秦帝国的楚霸王项羽，最后却死于兵马俑之手。最后在乌江边斩杀项羽的5位骑兵将士，都是关中地区出身的秦人，也都是旧秦军将士，都是秦兵马俑的原型。
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谜团十三：秦陵暗藏九层妖塔?坐在飞机俯视秦陵封土，可以清清楚楚地看见一个正方形锥体，所以美国人叫它黄土金字塔。其实美国人错了，秦始皇陵不是三层台阶式覆斗形封土，而是建造在九层夯土之上的中华土木大金字塔，甚至比埃及胡夫金字塔更大。谜团十四：秦陵封土取自何处?众所周知，皇陵的封土，是用方夯白灰、砂土、黄土掺合成的三合土，又用糯米汤浇固，加了铁钉。不怕风吹雨打，十分的坚固。当时盗墓，一凿子下去就一白点，用炸药都炸不开。体积庞大的秦始皇陵封土堆堪称国内之最，封土堆呈覆斗形，高76米，长和宽各约350米，如此大规模的封土堆在国内堪称之最。
但它的土究竟是取自秦始皇墓中，还是挖自鱼池一带?《史记秦始皇本纪》：复土骊山。《正义》曰：谓出土为陵，即成，还复其土，故言复土。意思是说把原来从墓穴中挖出来的土，再回填到墓上去。而在临潼地区长期流传着一种说法，认为封土堆的土是从咸阳运来的，因经过烧炒，所以陵上寸草不生。现在在秦始皇陵也看到，封土堆上石榴树密布，灌木丛生。秦始皇陵封土堆的土究竟来自何方?这个谜团还有待考古学家们进一步查证。