帝王打下天下后，首先要考虑的是都城选在哪儿。朱元璋定都应天(今南京)，也是费了不少心思的，他不断命人堪舆考察、修正风水，甚至不惜“凿牛首”、“斩龙尾”，在风水史上闹出了不少惊天动地的故事。
风水界公认中国境内“三条大龙”，中国古代三大代表都城北京、西安、南京，正巧分别位于北、中、南三条龙身上面。南京的“龙头”(也称“龙脑”)是明孝陵所在的钟山，以“龙头”为首，南京共有五大风水名山，一是东郊的钟山，二是东北郊的栖霞山，三是北郊的幕府山，四是东南郊的方山(天印山)，五是正南方的牛首山(牛头山)。另外，如今已进入主城区的名山还有鸡笼山、狮子山、清凉山等。
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在这些名山中，南方的牛首山是最有个性的，在中国也算是独一无二的风水名山。从北向南远看，此山两峰争高，如一对牛角，故称“牛头山”，明朝时改称“牛首山”，其实是一个意思。此山也是中国佛山中有名的“江表牛头”的所在地。
晋元帝司马睿定都建康(今南京)后，初作宫阙，郭璞说，建阙不利于皇宫风水，建议不作，实际是建议晋室不要大兴土木耗钱财。丞相王导闻言，指着牛首山两峰说，“此天阙也”。牛首山是天阙一说，由此而来。牛首山与栖霞山并称，有“春牛首，秋栖霞”之美誉。其风水之好，风景之美，早有论言。此山还是一座有民族节气的山，当年，南京民族英雄岳飞曾在牛首山设阵，大败兀术率领的金兵，至今还有岳飞抗金故垒遗存。
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南京首次“龙翻身”在东吴孙权定都建业时期，风水最旺时则在明朝。朱元璋在安徽随郭子兴起兵后，最终灭蒙元夺得天下，于1368年正月称帝于应天。朱元璋很欣赏南京的风水，他起初也和前人一样认为钟山乃南京风水宝地之最，据《明史?冯胜传》(卷一百二十九)载，有一次，朱元璋来了兴致，命儒士们以钟山为题赋诗。有个叫邓伯言的人赋诗曰“鳌足立四极，钟山一蟠龙。”朱元璋听了一下子拍案叫绝。
但实际上，朱元璋对南京的风水到底能否支撑朱氏明朝万年基业，心有还是有疑惑，并不那么肯定的。朱元璋定都南京后，对四郊的名山很感兴趣，经常带着一班臣僚观山川形胜，探风水奥秘。他发现，南京周边所有山都面向都城，呈朝拱状，独牛首山“不太听话”，背主南望，不向北顾。
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这让迷信风水的朱元璋，对这头“牛”很不满意。怎么办?朱元璋施出了他当皇帝的特权，要治牛首山的大罪。据明杨仪《明良记》载，朱元璋“乃特定其罪，杖之百下” 。当年秦始皇为断东南天子气，鞭打了方山，一千五百年后，朱元璋故伎重演，鞭起了相距并不太遥远的牛首山，治它的罪，又打了它一百大鞭。