菩提祖师在《西游记》中可谓神龙见首不见尾，引起了不少人的联想。有人说他是如来的十大弟子之一，也有人把《西游记》与《封神演义》联系起来，认为菩提祖师是准提道人，甚至有人说菩提祖师就是如来自己的化身。
说菩提祖师是如来的十大弟子之一，自然不是没有根据。佛祖座下，须菩提是一位重要的弟子，“须菩提”的意思就是解悟空性，他被称做“解空第一”。空在佛教经典中十分重要，但“空”又太玄妙难懂，说它是“有”也不对，说它是“无”也不对。空，不是空了没有的空，不是空空洞洞的空，它不是实有，却又离不开“有”。在佛祖座下众多弟子中，真正能懂得空的道理，真正能体证空的妙义的，就是解空第一的须菩提尊者。既然师父是解空第一，那么，他的徒弟自然会对“空”有很深的体悟，于是徒弟叫“悟空”也就很自然了。所谓悟空也是解空，是对空的一种理解和体悟。
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但这种说法有很大的困难。首先，须菩提作为如来佛的重要弟子，却好像完全脱离了组织，跟佛祖没有一点联系了。而如来佛十大弟子中的其他人，如金蝉子、阿傩、伽叶等却老老实实地呆在师父身边，如来对这个弟子的动向也没有过问，这是很反常的事情。
其次，在《西游记》中，我们可以看到的一个基本规律是，徒弟的神通往往跟师父差了一大截，基本上不是一个级数，就像木叉之于观音菩萨那样。金蝉子、阿傩、伽叶都位于如来十大弟子的行列，但他们的本事都颇为低微。而菩提祖师的神通几乎可以用如天如海、深不可测来形容，即使与如来佛祖相比，似乎也不遑多让，这也是一个多少令人称奇之处。
此外，菩提祖师的学识与本领也非常奇特。他开讲大道能够“说一会道，讲一会禅，三家配合本如然”;他让孙悟空选学的低级课程，就有道字门的三百六十旁门，包括术字门的请仙扶鸾、趋吉避凶，流字门三教九流的看经念佛、朝真降圣，静字门的参禅打坐、戒语持斋，动字门的采阴补阳、攀弓踏弩等等，十分驳杂;这些显然不应该是如来佛教给他的。如果他真是“解空第一”，在从如来佛处出师以后，更不会学这些杂七杂八、他也用不着的东西。
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祖师自称“我门中有十二个字，分派起名，到你乃第十辈之小徒矣”，这十二个字是“广、大、智、慧、真、如、性、海、颖、悟、圆、觉”，其中“如”字辈比较奇特，不知道如来是不是“如”字辈的。
总而言之，认为菩提祖师是如来佛十大弟子之一的说法面临不少困难，有些牵强。
另一种说法认为，菩提祖师乃是《封神演义》中与如来并立的西方准提道人，是西方教的二教主。这一说法的重要证据，在于从《西游记》与《封神演义》这两本书中寻找人物之间的联系。
在《封神演义》中，准提道人出场时，做了一番自我介绍，他对文殊广法天尊说道：原来道兄认不得我，吾有一律说出，便知端的：大觉金仙不二时，西方妙法祖菩提;不生不灭三三行，全气全神万万慈。空寂自然随变化，真如本性任为之。
菩提祖师是准提道人的证据似乎十分确凿，只是有一个遗留的小问题，就是这两本书到底是谁抄了谁。这个问题也并不是很复杂，因为同样明显的是，《封神演义》中的接引道人对应着《西游记》中的如来佛，对这两人，两本书中也都以诗的形式进行了描写。 还有一种影响较小的说法，认为菩提祖师就是如来本人，这种说法的依据并不是很多，主要基于几点想法，比如认为一般人教不出孙悟空这样的徒弟;一般人的徒弟也偷吃不到太上老君的五葫芦金丹，如此之类，因此祖师就是佛祖本人。这一说法捕风捉影的成分较多，扎实的证据较少，推测过程中也有一些逻辑上的缺陷。
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而且，在大闹天宫时节，还有一个细节，如来问悟空：“今闻你猖狂村野，屡反天宫，不知是何方生长，何年得道，为何这等暴横?”其潜在的话语是说，如来并不清楚这猴头的来历。除非如来是当面说谎，否则他是不该有此一问的，而以如来佛之尊，似乎没有说这种谎话、明知故问的必要。
也可能有人主张，菩提祖师就是菩提祖师，不是任何其他人。如果这样，意味着在西牛贺洲，如来佛的眼皮底下有一位高人存在，对于这种情况，如来佛应该不会放任不管，他至少可以想法对这样的高人加以拉拢，最好是收入门下加以录用。