庞大的明朝皇族——朱氏成员，大部分在明末农民起义的第一场劫难中被农民军屠杀了。另一部分又在抗清保国的战争中壮烈殉国了。除了这两部分外，在这场空前浩劫中侥幸逃生的皇族成员，又开始了更加艰难的生活。
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据历史记载，在明清鼎革之际，有一部分皇族成员，如皇太子朱慈烺、崇祯三子定王朱慈炯、四子永王朱慈炤，秦王朱存枢、晋王朱求桂、代王朱传(火+齐)，先被李自成农民军俘虏至北京。清抹攻陷北京后，这部分被俘皇族在兵荒马乱中失踪，生死不如，下落不明，一直成了历史疑案。
为了躲避满清的迫害，一部分皇族成员，在国破家亡之后，纷纷隐姓埋名，或窜伏山林，或辗转流徙，开始了艰难的逃亡生活。如出自宁藩的宗室八大山人，在明亡后，便自动放弃了朱姓，自号雪个，后来干脆出家当了和尚，只是把明朝灭亡的日期，偷偷地组成花押签在他的画里，以志不忘自己是大明子孙。
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周藩分支安昌郡王朱肃渣，在安昌沦陷后，逃往浙东，投奔鲁监国以海。舟山失败，他战死，其子安昌长子朱某年幼，被母妃携带逃出，后为躲避清廷迫害，来到杭州杭净寺，出家拜豁堂和尚为师，做了和尚，后来到松江一个荒野破庵中偷生。母妃临死时将王印交给儿子，庵中僧人走漏了消息，结果安昌王长子仍被官府抓捕处死，同庵僧人受牵连而死者数百人。
而在广东梅县地区也流传着一个传说，说是北京沦陷后下落不明的太子朱慈烺，其实与翰林院编修充东宫讲读的嘉应人李七淳一起潜回了李的家乡梅县。后为躲避清廷，太子也削发为僧，取法号“(大下面加罗)和尚”。并在梅州阴那半山中人迹罕到之处，建了一座庙，名叫“紫殿”，又叫“圣寿寺”，后便老死在此深山中。死后，他被当地人尊为“太子菩萨”。
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《清稗类钞·姓名类》记载，明亡后，“天潢贵胄，转徙流亡，无不改姓自晦”。《罪惟录·楚昭王桢传》也记载，楚藩分支祁阳王朱某，在明末楚藩沦陷后逃到福建。后福建沦陷，他与一个叫严炜的书生一起“更姓名入瑶中自保”。因此，今瑶族中，也应有明皇族的血统。