诸葛亮安心辅佐刘禅，回成都后主掌蜀汉大权。自他上台后排挤李严，安插亲信，独掌朝纲。他开府理事，大小事物“咸决于亮”，俨然就是一个“假皇上”。最露骨《出师表》应是最好的证明。
诸葛亮掌握一切事务的决断权，在给后主的上书中厚颜无耻，对后主指手画脚。诸葛亮除了对刘禅提出了这样一些不能不从的“建议”外，当然也不会忘记安排他北伐离开成都后朝中的人事问题。
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“侍中、侍郎郭攸之、费祎、董允等，此皆良实，志虑忠纯，是以先帝简拔以遗陛下。愚以为宫中之事，事无大小，悉以咨之，然后施行，必能裨补阙漏，有所广益。……亲贤臣，远小人，此先汉所以兴隆也;亲小人，远贤臣，此后汉所以倾颓也。先帝在时，每与臣论此事，未尝不叹息痛恨於桓、灵也。侍中、尚书、长史、参军，此悉贞良死节之臣，原陛下亲之信之，则汉室之隆，可计日而待也。”
诸葛亮已经任何事情都要过目了，刘禅只不过是听听他的汇报而已。诸葛亮南征回来之后，为了集权，一心想发动北伐。可是蜀国正处在羸弱状态，不适于进行大规模的战争。诸葛亮为达到目的，鼻涕一把、泪一把的哭述先帝遗志，恢复大汉天下的雄心，逼迫地刘禅哑口无言。
蜀汉政权中，李严、廖立、魏延等人对诸葛亮专政揽权颇多微词，李严亦猜忌诸葛亮有不臣之心。《三国志·蜀书·李严传》注引《诸葛亮集》云：“(李)严与(诸葛)亮书，劝亮宜受‘九锡’，晋爵称王。”
九锡这项殊礼太复杂，但以下几项殊礼却是人人都能看到的：“剑履上殿”，即可以带着武器、不脱鞋子进入宫廷，享受与皇帝同等的待遇;“朝觐不趋”，在朝廷上以快走为礼节，但接受了这项殊礼的权臣却可以不慌不忙地慢慢行走;“赞拜不名”，皇帝和朝仪官对大臣一般都是直呼其名，对权臣却特别允许不称呼名字，只称呼官职和姓氏。这三条都与上朝有关，有了这三项殊礼，皇帝和权臣在朝堂上就几乎没有区别了。后来发展的更不像话，竟然出现给权臣设立专座的“殊礼”，还允许权臣跟皇帝平起平坐，俨然一副太上皇的模样。由于这种殊礼实在太露骨，一般的权臣都还不敢使用。汉末，曹操欲加九锡，受汉禅，遭到心腹荀彧的坚决反对。觉得九锡实在不是人臣要的东西，曹操为此失了不少人心，实在是得不偿失。
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诸葛亮明知道李严什么意思，不但不检点，而且还大言不惭地说：“吾与足下相知久矣，可不复相解!足下方诲以光国，戒之以勿拘之道，是以未得默已。吾本东方下士，误用于先帝，位极人臣，禄赐百亿，今讨贼未效，知己未答，而方宠齐、晋，坐自贵大，非其义也。若灭魏斩睿，帝还故居，与诸子并升，虽十命可受，况于九邪!”
俨然他对目前的权利嗤之以鼻，他之所以不取代刘禅是怕成为众矢之的，维持现在这种状况，虽然没有皇帝的名分，可内外事务统一归自己决策，也跟皇帝没什么区别。作为一个托孤之臣，能对后主指手画脚，过多地干预朝政，而别人又认为是“鞠躬尽瘁”，诸葛亮可说是古今第一人。
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诸葛亮死后在给他立庙的问题上，刘禅曾做过一次反常举动。根据史书记载：“亮初亡，所在各处为立庙，朝议以礼秩不听，百姓遂因时节私祭之于道陌上，言事者或以为可听立庙于成都者，后主不从。”言事者只得退而求其次，建议立庙于沔阳。禁止百姓“私祭”，后主才勉强同意。
后主为什么不同意为诸葛亮立庙?诸葛亮生前，刘禅以“相父”称之，关系可见非同一般，难道诸葛亮死后立个庙祭祀都不可以了?究其原因只能说是刘禅在报复诸葛亮，因为诸葛亮生前以“相父”身份对后主指手画脚，压制刘禅时间太长了。诸葛亮活着的时候，刘禅敢怒不敢言，他死后，刘禅才能直起腰板说话。可见在刘禅心中有多痛恨诸葛亮了。刘禅被诸葛亮压抑到无法容忍的地步。