天启七年(1627)八月，熹宗病死，临死前指定他的弟弟，十七岁的信王朱由检即位，在熹宗的张嫣皇后支持下，信王顺利登基，是为崇祯皇帝。
崇祯皇帝以静制动，以不变应万变。魏忠贤见崇祯对自己不冷不热，于是想投石问路，在9月25日自己上了一道《久抱建祠之愧疏》，请求停止建造魏忠贤生祠活动，崇祯提出以后不建了，在建的就继续吧。随后，崇祯把他哥哥天启帝的奶妈客氏，也是魏忠贤的对食(名义的上夫妻)请出了皇宫，这一举动名正言顺，魏忠贤不好反对。这两个回合，崇祯既稳住了魏忠贤，防止其狗急跳墙，铤而走险，又向朝廷内外表明了态度，新皇帝已经开始亲自处理朝政，不再放手给魏忠贤。
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朝廷中的政客嗅到了不同的味道，都察院右副都御史杨所修上书弹劾魏忠贤党羽，兵部尚书崔呈秀等人的父母去世未丁忧，有悖于“以孝治天下”，请求崇祯准许他们回家尽孝。同时也批评吏部尚书周应秋在这件事情上没有尽责。按明朝惯例，官员受到弹劾，首先要主动停职，以便接受组织调查，于是崔呈秀等人陆续请求辞官。
崇祯仍然冷处理，既对几位受到弹劾的魏党成员进行了慰留，又对杨所修却没有任何实质性的处理。进一步向反对魏忠贤的同志们传递了可以弹劾魏党的信号。
处于观望状态的官员们开始转变。御史杨维垣猛烈攻击兵部尚书崔呈秀。崇祯顺势而为，同意崔呈秀的辞职回乡守孝申请。
这个信号明确地告诉大家皇帝已经不待见魏忠贤了。10月22日，工部主事陆澄源直接弹劾魏忠贤，此后，弹劾魏忠贤的声音此起彼伏，魏忠贤压力越来越大，终于在1627年10月27日向皇帝提出了“引疾辞爵”的辞呈。11月初，魏忠贤被免去司礼监和东厂的职务，发凤阳守祖陵。这是一个试探，没有引起骚乱。于是，崇祯皇帝命锦衣卫擒拿魏忠贤治罪。魏忠贤行至途中，接到密报。当夜，他听到外边有人唱道：“随行的是寒月影，呛喝的是马声嘶。似这般荒凉也，真个不如死”，随即上吊自杀。
从这个过程可以看出，魏忠贤步步退缩，没有任何有力的反击，曾经权倾朝野的“九千岁”，手下有“五虎”、“十狗”、“十孩儿”、“四十孙”，为什么毫无招架之功，仅仅3个月就败在年仅十七岁的皇帝手上?
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主要原因有几个：
一是掌权时间太短，没有建立起有力的支持者联盟。天启皇帝在位时间仅7年，魏忠贤在前5年还在跟东林党斗的不可开交，等他地位稳固了，大肆分封党羽的时候已经是天启5年了，形式上虽然支持者遍天下，但他的核心党羽还没有完全控制局面，骤然越过很多同僚升到高位，多少同僚看着眼热，矛盾大量存在。就像崔呈秀虽然是兵部尚书，但未必能够调动一兵一卒。魏忠贤本人虽掌控厂卫，但为时尚短，他此前又除掉顾命太监王安，恐怕也得罪很多人，厂卫也未必死心塌地跟他走。而且魏忠贤的党羽基础是不牢固的，投靠他的大臣们，大多是跟东林党不对付的失意者，与魏忠贤本人之前没有交集，也并没有盘根错节的复杂联系，在危机时刻，能否支持他有很大疑问。
二是制度起了作用。明代朝廷的权力机制主要是靠票拟和批红实施的，票拟归于内阁，批红归于皇帝或授权的太监。魏忠贤在熹宗朝也只是在熹宗的充分信任和授权下，部分拿到了批红的权力，当熹宗干预时，魏忠贤也不敢公开违抗，像熹宗保护皇后和信王，并最终传位给信王等重大决策都是熹宗自己做出的。崇祯即位后，以自然而然的方式收回了批红权力，魏忠贤就成了摆设。
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三是缺乏政治眼光，不敢冒险。作为一个太监，魏忠贤只想舒舒服服过日子，当崇祯步步紧逼时，看不出自己没有后路，只能孤注一掷奋起反击，对于头号心腹崔呈秀，甚至都没有力保，崔呈秀的倒台引发了连锁反应，使他自己的支持者跟他划清界限，大量倒戈甚至落井下石。
网上为魏忠贤翻案的声音络绎不绝，甚至有魏忠贤不死，明朝不亡的说法。但从他应对崇祯的行动来看，他的政治才能是不足的。