不料，在康熙四十七年(1708年)，大祸发生。这一年四月，他正和东家在书房下棋，突然闯入一队官兵，将他锁拿。因为他几年前一次酒后向一位老友透露了“秘密”，浙江东部有一位志在反清复明的念一和尚听说后，就在康熙四十五年(1706年)打起了朱慈焕的旗号，在大岚山起事。
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清兵入关后，各地明皇室上层人物被诛杀尽净，只有崇祯之子朱慈焕侥幸活了下来，并且活到了70多岁，才被凌迟处死。
明朝灭亡那年，朱慈焕刚刚12岁，开始乱世飘零。他乞讨到了一户王姓乡绅家。王乡绅得知其身份，冒着风险收留他，给他改名王士元，让他与自己儿子一起读书。5年后，王乡绅病故，朱慈焕流浪到江南当了和尚。浙江余姚一位胡乡绅见其气质不俗又满腹诗书，劝他还俗并把女儿嫁给了他。
结婚后，朱慈焕以教书为业。他一生小心翼翼，安分守法，一听风声紧就赶紧带着一大家子逃亡，几十年间流动于大江南北，历尽艰辛。到朱慈焕晚年，康熙6次拜谒明皇陵，还向大臣表示要查访一个明皇室后裔，用以管理明孝陵。朱慈焕认为自己这辈子可以善终了。
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不料，在康熙四十七年(1708年)，大祸发生。这一年四月，他正和东家在书房下棋，突然闯入一队官兵，将他锁拿。
因为他几年前一次酒后向一位老友透露了“秘密”，浙江东部有一位志在反清复明的念一和尚听说后，就在康熙四十五年(1706年)打起了朱慈焕的旗号，在大岚山起事。朱慈焕闻讯大惊，立刻带着一个儿子由浙江逃到山东，没想到两年之后还是被抓了。
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审讯结果证明他是清白的。审问官员将审问结果上报给康熙。事实证明，康熙皇帝所说的“查访明朝后裔”，其实是叶公好龙。皇帝发下来的谕旨：朱三即王士元，著凌迟处死。(摘编自《文史参考》)