按照常理来说，进入后宫的女子就等于嫁进了后宫，便是皇帝的妻妾，夫妻之间居住在一起应该是很正常的事情。但是事实上，清朝皇帝与妃嫔们是不能同房居住的。
清朝皇宫的规矩十分严格，即使是皇帝与皇后，也只是新婚时在坤宁宫东暖阁洞房同住三天，然后必须各自回自己的寝宫居住。至于其他的妃嫔，就更加不能与皇帝同住了。
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因为在之前的历朝历代，有不少皇帝就因沉湎于女色而荒废了朝政。明朝嘉靖时期，后宫中甚至还发生过宫女险些勒死皇帝的事件。
清朝吸取了历史的教训，在传宗接代的同时，最大程度确保皇帝的安全和健康。所以，在关外的时候，就已经开始奉行皇帝不得迷恋女色的训诫。到顺治入关之后，更是进一步加强了对于后宫的管理。皇帝与妃嫔们都有各自的寝宫、膳房等，一般情况下是不可以同桌吃饭的，并且严禁皇帝与妃嫔同居一室。
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当皇帝需要行幸时，敬事房总管太监会事先把写有妃嫔姓名的“绿头牌”摆好，以供皇帝选择。被皇帝“翻牌”的妃嫔得到通知后，要将衣服脱光，香汤沐浴净身，用毯子把身体包裹住，由太监背到皇帝的寝宫。然后从皇帝脚下轻轻掀起被子的一角，裸身匍匐着钻进去。待完事后，仍由皇帝脚下慢慢倒着爬出被子。这样做是出于安全的考虑，防止妃嫔携带暗器进入皇帝的寝宫。
妃嫔在皇帝寝宫停留的时间也是有限制的，绝不允许与皇帝一起过夜。为了避免皇帝纵欲过度发生意外，到了一定的时间，太监便会在窗外高声喊：“是时候了!”连喊三声后，不管皇帝有多么不舍，都必须要传太监进屋将妃嫔背走。
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“咸丰六(1856)春，奕詝帝住孝钦(慈禧)处数日，不视朝。孝贞(慈安)谂其故，乃顶祖训至宫正跪，命人请皇帝起听训。奕詝帝制止说：‘予即听朝，勿通训。’迨出朝，少时即退。问后何在，告之在坤宁宫。奕詝帝即至，见孝贞于中坐，孝钦跪在地下，孝贞历数其过，用杖辱之”(《清稗类钞》)。
根据上面这段记载可以得知，清朝皇帝与妃嫔不能同居的规矩是非常严格的。皇帝若是违反了，皇后可以借“祖训”之名进行劝谏，皇帝是不能反驳的。而且皇后作为中宫，还有权处罚违反“祖训”的妃嫔。