到董卓完全架空汉献帝刘协，执掌官员废立的时候，孔融的不着调、不靠谱就更加突出。其实他完全可以像当时一些官员那样，你指鹿我不一定说是马，只要保持沉默就得了。“敌人过于强大”，我可以保存实力嘛。
会董卓废立，融每因对答，辄有匡正之言。以忤卓旨，转为议郎。(《后汉书·孔融传》)
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因为每次与董卓对话，孔融都流露出叫董卓滚蛋，让献帝自己来主政的意思，并时常顶撞、不顺从董卓的讲话精神，于是又“被”迁调到了“议郎”毫无实权的参谋位置上。在这个位置上，孔融仍然继续跟董卓作对。其实，按现在的价值观念来说，献帝也好，董卓也好，不管谁来做国家领导人，都是封建统治，民主、民生、民权都不可能得到，更何况让董卓来管理国家总比献帝有能力吧。
跟董卓过不去的结果是从“中央警备团团长”，变成了一个不管事的“参谋”，再从一个“参谋”变成了抗敌一线青州北海郡的县市级干部。
在北海的六年，可以说是孔融一生中家庭生活最幸福的时光。在工作上，他平定了贼寇，扶持学校，表彰好人好事，改善了百姓生活等等，并且还举荐了一批青年学子，让他们去做官。孔融一生乐于推荐学子。他曾经惺惺惜惺惺而举荐的学子祢衡，由于比他的性格还狂傲，最终也成了孔融死罪的理由之一，这是后话。工作上的成就感，地方百姓的拥戴，加之远离了朝廷那拨恶心的人，他的心情格外晴朗，由此一家人乐乐融融，煞是幸福。
然而，孔融的耿直与才华让他既得以沉浸于幸福又暗陷不幸的诅咒。这六年之中，如果孔融多搜刮些民脂民膏，多积攒点财富，在“政治中心”设个观察时局、跑官要官的“驻京办”，逢年过节或制造借口，不失时机地向得势者送上点“心意”，为今后的日子做一点打算，也许接下来他一家的悲剧也不会发生。
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左丞祖者，称有意谋，劝融有所结纳。融知绍、操终图汉室，不欲与同，故怒而杀之。(《后汉书·孔融传》)
在曹操、袁绍的势力开始鼎盛的时候，他的一个副手劝他去拉点关系，而孔融却一怒之下把他杀掉。
公元196年，是孔融终身难以忘怀的一年。
这一年，流落在外的汉献帝回到了洛阳。皇宫已经全被烧毁，一粒粮食也没剩下，朝中官员饿得采摘桑叶充饥，有的饿得靠着城墙就死了过去，有的则被士兵杀死。
这一年，曹操带兵进入洛阳，把献帝和朝廷迁到了许昌，曹操做了一人之下万人之上的“超级司空”，真正实现了挟天子以令诸侯。
这一年，与孔融互称“孔子颜回”关系的祢衡被江夏太守黄祖斩首。
也是这一年，从春天起，敌人的部队把孔融的城池围得水泄不通，一直持续到夏天，战斗异常惨烈。
战士所余裁数百人，流矢雨集，戈矛内接。融隐几读书，谈笑自若。(《后汉书·孔融传》)
一向虚妄狂放的孔融却并不肯正视现实，生怕有损自己处变不惊的大名士形象，更不会到一线去督阵。当兵员只剩下几百人，攻城的箭镞像下雨一样密集而降，守军与敌军短兵相接，血肉搏杀的时候，孔融仍故作镇定，凭案读书，若无其事地谈笑风生。
终于，在一个漆黑的夜晚，随着城中的一阵喧闹，敌军攻进了城内。此时此刻，这个一生不肯正视现实的狂狷书生，才在几名亲兵的掩护下，狠心地丢下了妻子儿女，在茫茫夜色中逃出绝地。可怜他的妻子和两个儿子，只得用自己的生命为这个不争气的丈夫和父亲殉难了，她们母子三人被敌兵俘虏，全部被杀。
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你孔融忠于汉室没罪，但你不顾妻子儿女的身家性命，大敌当前，还做“名士沉稳秀”，白白断送自己三位亲人的性命，能算个东西?
这个时候不知道孔融是否会心痛难过，是否会反省自己过去的一切。
事实证明，这个以智商闻名天下的傻蛋还是没有醒悟，在往后的日子，继续荒诞地做他的狂妄大梦。
只身逃过一劫的孔融，匡扶汉室，维护正统的心结不改，加之自以为是的膨胀、狂狷和耿介，就注定了他此后依然灾难重重。或许这些灾难原本就是伴随他的出生、所受的教育以及骨子里的性格基因而来的，这甚至是不可逃避的。但作为一个男人，至少应该有一点家庭责任感吧，你要杀生成仁，舍生取义没人可以阻拦，但明明知道自己这样坚持下去凶多吉少，就不要把别人的生命绑在自己顽固而愚蠢的战车上!
遗憾的是，落花流水的孔融回到许昌又娶了一位媳妇。这个女人在此后的日子里，先后为他生了两个孩子。