巡按制度是明清两代监察制度的重要组成部分。明代从开国皇帝朱元璋统治时期开始派遣御史巡按地方州县，明成祖永乐元年(1403)将派遣巡按御史巡视地方作为正式制度确定下来。清承明制，顺治元年(1644)，以“察吏安民”为宗旨的巡按制度就被刚刚建立新政权的清廷所采用。虽然由于各种复杂的政治原因，巡按制度仅存于顺治一朝，期间曾屡行屡停，发挥作用的时间较短，但作为清初监察体系的重要组成部分，许多地方官员违法违纪问题都是由巡按御史首先提出的。
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清代的巡按御史并非专门职官，而是一种定期委派的差使，而且选派有非常严格的标准。一般由都察院会同吏部从现任的才能与德行都很出众的监察官(御史)中甄选，选定适当人员后题名上奏，由皇帝最终确定人选。顺治初期巡按任期沿明制为一年，自顺治八年(1651)后，巡按出差任期被定为一年零六个月。巡按御史作为“天子耳目之官”，首要职责是“察吏安民”，而履行职责的主要方式就是对违法犯罪的官吏进行纠弹。上可弹劾部院大臣、督抚、总兵等朝廷重臣，下可纠举州县、书吏等亲民之官。
作为一项从明代承继的制度，从巡按制度设置之初，清廷内部围绕巡按的派遣即形成了主遣派和主停派，两派对巡按的选任标准、人品操守、职责范围、经费保障等问题的争论一直伴随着该项制度的始终，而两派激烈的争辩与矛盾也最终导致了巡按制度从康熙朝直至清廷覆灭始终没有机会再登上历史的舞台。
巡按制度的首次实行期是从顺治元年(1644)五月到顺治七年(1650)四月，为期六年，正值多尔衮摄政时期。这一时期的巡按是随着清军征服疆域的扩展由北向南陆续派遣，选派也是非常急促，基本上是先于督抚而设。至顺治七年四月，四方平定，由于经费困难，户部建议裁撤巡按，该制度遂暂时停废了。
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巡按制度的第二个实行期是从顺治八年(1651)四月至顺治十年(1653)五月，为期两年。顺治八年(1651)二月，福临刚刚亲政，给事中姚文然便以言官身份上疏请求顺治帝重新派遣巡按巡察地方，顺治帝立即采纳了此建议。按照制度规定，巡按要从监察御史中进行选派，但清初监察御史额定的四十人均为汉人，满、蒙官员无法参与竞选。而且这一时期，各地巡按参劾了大量地方官员贪腐案件，仅顺治八年(1651)九月这一个月内，就有三起地方官员贪腐案件被巡按御史纠参，分别是巡按御史王应元劾福建建南道佥事曾延孔、巡按上官铉劾江南徽宁道参政袁仲魁、巡按杜果劾浙江绍台道副使耿应衡，被弹劾的官员均被革职。由于清初地方官员绝大多数均为满蒙出身，出于维护自身利益的考虑，巡按制度激起了满蒙利益集团的强烈不满，由此产生了巡按存废的反复论争。以郑亲王济尔哈朗为首的满洲贵族官员不断上疏，顺治十年(1653)五月，济尔哈朗等又上疏建议裁汰巡按，吏部与都察院商定暂停派遣。
第三个实行期是从顺治十二年(1655)七月至顺治十七(1660)年七月，为期五年。顺治十一年(1654)四月，给事中林起龙等纷纷指斥州县官贪腐现象严重，如果不选派巡按巡视各地，难以扭转吏治败坏的局面。济尔哈朗等见巡按派遣势在必行、无法阻挡，便提出每省应增加一名满洲巡按，实行巡按满、汉复职制，顺治帝未予采纳。济尔哈朗等又提出巡按可从中央各部郎官和御史中共同选派，力图增加满洲官员被拣选巡按的机会，但也没有被采纳。这一时期派遣的巡按御史在澄清吏治方面仍然发挥了十分重要的作用，如顺治十二年(1655)，陕西巡按王继文参疏劾布政使黄纪、兴屯道白士麟贪污不法，二人均被革职，且王继文任内共参劾文武官员四十余人，确实起到了震慑百官的效应。
顺治十七年(1660)八月，御史陆光旭继续论争巡按的设废，指出停派巡按之害。后经过主停派与主遣派两个多月的疏辩，顺治帝倾向于重新遣派巡按，但由于不久后顺治帝即逝世，辅政四大臣均主张停遣巡按。顺治十八年(1661)五月，兵部尚书管左都御史事满臣阿思哈提出停遣巡按，得到辅政四大臣的同意，巡按制度就此停废。此后，康熙、雍正年间也曾有官员就复差巡按提出建议，但后来都是通过派遣一些钦差、御史等行使部分察吏之责，终清之世，巡按制度未能再启用。
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自顺治元年五月至顺治十八年(1644-1661)巡按制度被废止，清廷共向15省区派出巡按御史共163人，计197人次。巡按御史在清初复杂多变的政治环境下为整肃朝纲、维护吏治清明发挥了一定的积极作用。由于巡按制度本身就是皇权的附庸物，从根本上是作为调整和平衡统治阶级内部各种政治力量对比关系并进而巩固其统治的工具而已。因而，巡按提出很多官员贪腐案件都具有相当的主观性和目的性，很难做到客观和公正，诬陷、徇庇等问题也就接踵而至，这些弊病的存在一定程度上影响了巡按制度监察的效能，也为满洲贵族等势力不断要求取消巡按制度提供了口实。随着顺治帝的驾崩，巡按制度因其触动了满洲贵族的利益、限制了督抚权力的发挥、缺乏制度化的设计等诸多因素而退出了历史舞台。
以明清巡按制度为代表的我国古代巡视制度的经验与实践为中国共产党党内巡视制度的建立与发展提供了丰富的文化与制度镜鉴。清初巡按制度存废论争值得我们深思，若要充分发挥党内巡视制度在加强党内监督、促进党风廉政建设、密切党群关系、纯洁干部队伍中的保障作用，需要我们重视党内巡视工作长效机制的构建，努力实现巡视工作的制度化、规范化和常态化。