永历十五年(1661年)，郑成功原部将黄梧降清后，向清廷密陈“灭贼五策”，其中第三、四策直接针对郑芝龙和郑家祖坟：“三，其父郑芝龙羁縻在京，成功赂商贾，南北兴贩，时通消息。宜速究此辈，严加惩治，货物入官，则交通可绝矣。四，成功坟墓现在各处，叛臣贼子诛及九族，况其祖乎?悉一概迁毁，暴露殄灭，俾命其脉断，则种类不待诛而自灭也。”这是十分阴险毒辣的计谋。
自郑成功海上起兵抗清以来，清廷就一再利用郑芝龙逼迫郑成功就抚，郑成功不为所动，拒不投降，清廷遂加紧迫害郑芝龙，1655年，清廷削郑芝龙爵;1657年，郑芝龙被流放宁古塔。郑成功东征台湾后，清廷见招降郑成功的希望更加渺茫，遂采纳黄梧的所谓“灭贼五策”，将郑芝龙一家十一口杀害，并派清兵到南安挖掘郑成功的祖坟，以在心理和气势上打击郑成功。
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当郑成功听到父亲被杀，“顿足擗踊，望北而哭曰：‘若听儿言，何至杀身。’”郑芝龙当初的投降战略，不仅招致自己的杀身之祸，而且祸延子孙，成为重创郑成功脆弱心理的重磅炸弹;当郑成功听闻祖坟被毁的消息时，更是痛哭流涕，“向西切齿而骂曰：‘生者有怨，死者何仇!敢如此结不共戴，倘一日治兵而西，吾不寸磔汝尸，枉作人间大丈夫!’”可见，这些惨无人道的卑劣手段对郑成功伤害之大、刺激之深!
而在内忧外患中，在愁云惨雾里，成为压垮郑成功这匹骆驼最后一根稻草的，则是发生在厦门郑府的一宗家丑。
郑成功征台时，留下长子郑经监守厦门。郑经娶隆武时期兵部尚书唐显悦的孙女为妻，唐氏端庄贤淑，但与郑经感情不睦。郑经与五弟的乳母陈氏私通，生一男孩，并以侍妾生子上报郑成功。郑成功年未四十，新得男孙，十分高兴，大加赏赐。唐显悦为替孙女出气，遂写了一封信给郑成功，备述详细，并在信中责骂道：“三父六母，乳母亦居其一。令郎狎而生子，不闻饬责，反而簣赏。此治家不正，安治国乎?”郑成功一生深受儒家思想影响，持家治国，向以严厉著称，看了这封信，顿时怒不可遏，立即派人去杀郑经、陈氏母子，以及郑经母董氏，惩罚其治家不严。
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郑泰、洪旭等人接令后大为震惊。商量之后，只杀陈氏母子复命，并为郑经和董氏夫人求情。郑成功不允，再次命令要杀郑经和董氏。其时，金厦一带传言纷纷，郑泰等人则带头抗命，众将形成公然抗命的局面。台湾正缺粮、缺饷，厦门“不发一船至台湾”，郑成功万分焦急。
遭此家变，父子故将呈分崩离析之势。郑成功忧心如焚又万分痛心：“我欲成大事，乃不能治家，遑问天下。”在无可奈何的困境中，愤怒与忧虑将他击倒，风寒和郁结更使他一病千古。
一代名将走到了生命的尽头，而一个强盛的海权时代也因为郑氏海商集团的衰落而消失在滚滚的波涛之中。
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由此可见，郑成功遽而离世，其子郑经难辞其咎。而且其后的变乱也因此而起。成功故将黄昭、萧拱宸以郑经“不堪为人上”，拥立郑成功幼弟郑袭“继统”，联络成功族兄郑泰为奥援，约定“金厦他自为之”，使台湾呈现“拥袭拒经”的态势。
郑经留守厦门，先遭追杀，又遇父丧。当此乱云飞渡之际，因得到兵官洪旭、前提督黄廷、五军戎政王秀奇等人的拥护，化危为机，在厦门嗣继藩位，授陈永华为“谘议参军”，谋划和实施掌握金厦政局和平息台湾危机。