最初朱允玟的军队拥有很大优势，但是朱允玟用人不当，李景隆的指挥失误，所以一连败退，最后兵力涣散被打的屁滚尿流。但是燕军的兵力不足，打下一座城市之后，不能留下兵力守城，只有打一个弃一个，所以很快，双方开始拉锯战。这个时候大明军队涌现了很多英雄，他们拼死斗争，重创朱棣。但是朱允炆的软弱不堪，一道圣旨，“我要活的叔父”，很多次能杀掉朱棣的机会都错过了，对对手的仁慈，就是对自己的残忍，所以朱允玟的的亡败知自己作死的结果。
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建文帝原本以为自己已经准备好了天罗地网，擒拿朱棣只是早晚的事，但他明显低估了燕王的能力。战争开始之前，建文帝以防边为名，调走了燕王的护卫士兵，又派张昺(bǐnɡ) 、谢贵到北平监视燕王的一举一动，宋忠统兵3万驻军开平，另在山海关、临清皆有军队协防，将燕王紧紧包围起来。只是建文帝没有想到，朱棣有统兵作战的经验，临危不乱，先后荡平了周围的军队。八月，建文帝命耿炳文将兵13万伐燕，兵败退守真定。九月，命李景隆将兵50万出征。
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李景隆只会纸上谈兵，没有实际作战经验，失败在所难免。建文帝知道李景隆的平庸后，启用保卫济南的功臣盛庸为将，取得了东昌之役的胜利，但这也无法改变燕王势力逐渐增强的事实。建文三年十二月，燕王朱棣反守为攻，率军直趋南京。六月十三日，李景隆和谷王打开金川门迎降，朱棣取得了“靖难之役”的最终胜利。
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削藩是一个很不明智的做法。当年他一直视燕王朱棣为最大的威胁，然而他并没有果断地直指燕王而是先削了其他五藩，给了朱棣充分的准备时间。还有你一当皇帝，马上磨刀霍霍有计划的、大规模的欲逐个捕尽自己众位叔父。在这种背景下，诸王不造反可能吗?你这就等于不给拥有重权的亲戚们活路，不要忘了如果你把周围的人都得罪了，那么就真成了孤家寡人，凭借自己孤寡之力去斗争众人合抱之力，怎么会不输?朱允玟的强硬做法注定了自己被取代的命运，其实你要是强硬到底也行，本身性格软弱，就不要选择这种道路，换一种迂回战术，没准效果要逼着好得多，硬碰硬就算能赢，那也是自我损伤，当皇帝也要动动脑子吧。