小龙女离开杨过后，练功时想念杨过而致旧伤复发，被绝情谷主公孙止救起，并带到绝情谷中。
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小龙女为了断绝自己对杨过的想念而答应了公孙止的求婚，在即将办婚礼的时候却与杨过重逢，却想为了杨过好强忍著不与其相认;后来在谷主与小龙女举行的婚礼上因杨过对小龙女的真情流露，小龙女终和杨过相认。公孙止上前动手企图分开两人，便让他们去选剑来比武。
而二人在剑室之中发现了君子、淑女两把利剑，并用此两把剑使出玉女素心剑法大战公孙止。他们本可得胜但因小龙女前面被情花刺中又动了情而落败，杨过也因落败也被擒并带到内堂;而这时已经丧心病狂、贪恋小龙女美色的公孙止将千百朵情花刺于杨过之身，以此来要挟小龙女与己成亲才给解药。
小龙女在迫于无奈下，只得答应公孙止的要求。随后因看到杨过极为痛苦，最后小龙女忍不住而扑到其身上也中了剧毒。后来杨过和公孙绿萼齐齐中了公孙止的毒计落入鳄鱼潭，却在鳄鱼潭下面遇到了公孙绿萼的亲生母亲裘千尺。后来三人一同脱险，并在公孙止和小龙女举行成亲仪式时前来阻止。
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杨过也即场把从裘千尺处得来的解药绝情丹给小龙女服下，并在裘千尺的帮助下打退公孙止;赶走公孙止之后由于杨过拒绝迎娶公孙绿鳄，在答应裘千尺去杀了郭靖、黄蓉后便和小龙女离开绝情谷。
求取解药杨龙二人下山后，遇到大雪，无意中发现了此，并在一木屋中休息。后来一灯大师和其弟子慈恩也来此投宿，而杨过也向二人说明了身份，同时一灯大师也看出小龙女毒入内腑，说自己师弟天竺僧能解她体内的剧毒，而后杨过夫妇和其师徒二人便去绝情谷找天竺僧求治。
杨过等人来到谷中后，见到被程英和陆无双与李莫愁正在动手，杨过为救她们又中情花毒。而后在遇到了黄蓉等人，并在大厅见到裘千尺，其又要杨过答应娶公孙绿萼，才给解药，但被杨过拒绝。随后杨龙二人按公孙绿萼暗中的指点，救出了天竺僧，但其为了配解药而自中情花毒，预即今天醒来。而杨过回来时，见公孙止把公孙绿萼盗出的解药抢去，其也被公孙止挟持，最后其为救杨过而碰其剑上自杀，同时杨过也听到天竺僧被李莫愁所杀，小龙女中的剧毒也无药可救。
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经过一番波折，小龙女从公孙止夺回解药，但杨过因不想独活，将解药丢弃。小龙女听黄蓉说天竺僧死前拿的断肠草能解杨过中的情花毒，就决定自尽来救杨过。而后就和杨过坐在草地上说话，等到夜晚，其趁杨过熟睡之际，走到绝情谷的断肠崖边，并在旁边的石壁上用剑刻下了十六年之约，便跳崖自尽。