尹直等大臣此前也隐约听说过这个皇子的存在，大家通过太监黄赐，请求宪宗皇帝公开这个秘密，不必隐瞒，否则将来无法让天下人信服。明宪宗含糊地回复说：“是有一个皇子在西内，具体的事，朕再打听。”
显然，宪宗皇帝还在装糊涂。于是尹直打算再进一步，想请求皇帝为这位皇子命名。后来担心引发不测，终于没有敢声张。实际上，这件事只瞒着万贵妃一个人，等到时机成熟了，太监张敏再通过万贵妃宫里的太监段英，将消息透露给万贵妃。万贵妃如闻霹雳，吃惊地问：“为什么单单瞒着我一个人?”
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到了这种地步，接受现实才是最明智的做法。万贵妃是何等聪明的人物，当然清楚这一点，她马上换好礼服，赶去祝贺宪宗皇帝。宪宗皇帝高兴，也暗暗出了一口气，因为他不必再装下去了，下令厚赐纪氏母子，挑选一个好日子，把母子二人请入宫中。《謇斋琐缀录》的说法虽然不像《明史》那样有戏剧性，但更合乎事理，更经得住推敲。
成化十一年五月十九日，明宪宗给礼部下了一道手谕，要求给六岁的皇子起名字。礼部拟了“福、楷、棨、榘”四个字，明宪宗都认为不好，最终改为朱祐樘。大臣们希望立他为皇太子，明宪宗认为他还太小，长一长，多读一些书，再立不迟。朱祐樘命名之后，明宪宗带着他出来与大臣们相见，在文华殿召见大臣们的时候，也让朱祐樘陪伴。文渊阁大学士商辂在与明宪宗单独对话的时候，请求皇帝注意保护皇子。大臣们原本想提出皇子与纪氏同住一宫，以免发生意外，只是担心激化矛盾，没有当面提出来。
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朱祐樘露面之后，他的母亲纪氏仍然住在西内。商辂担心她会出事，却又不能明说，就和几位大臣一起向明宪宗建议说，皇子聪明，皇子的母亲因病住在别处，不太妥当，应该让她与皇子住在一起，母子朝夕相处才好。
明宪宗答应，纪氏就从安乐堂搬进永寿宫居住。纪氏与儿子分别时的预言是正确的，不久她就突然生病，太监黄赐和张敏带着几位御医前去诊治，第二天病势减轻，到了六月二十八日突然死去。据说，当天天色赤红，宪宗皇帝追封纪氏为纪淑妃。
关于纪淑妃的死因，传言纷纭。一种说法是万贵妃害死了她，另一种说法是自缢而亡。她一直信赖和依靠的太监张敏也吞金而死。
不久，商辂又提到皇太子的事，说：“陛下登基已经十年，皇储之位一直空虚，现在应该立皇子为皇太子，以安定人心。”
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明宪宗点头，成化十一年十一月，朱祐樘被立为皇太子，大赦天下。任命商辂为太子少保、吏部尚书。朱祐樘被立为皇太子，皇太后担心他遭人暗算，要求把太子交给自己抚养，于是皇太子住进仁寿宫。有一次万贵妃请皇太子过去吃饭，皇太后嘱咐孩子，去了以后什么东西都不要吃。万贵妃见了皇太子，拿出食物给他，皇太子说自己刚刚吃饱了。万贵妃再给他羹汤，皇太子摇头说：“害怕有毒。”
万贵妃大怒，说：“这个孩子，小小年纪就这样对我，将来做了皇帝，会把我吃了。”此时的朱祐樘是皇太子，万贵妃虽然生气，却不敢拿他怎么样，气得大病一场。
万贵妃管得住妃嫔、宫女，却管不住皇帝。渐渐地，像朱祐樘一样侥幸活下来的皇子越来越多，宫中依附万贵妃的太监们也开始为自己的未来担忧，不敢胡来。成化二十三年，万贵妃暴病而亡，明宪宗非常伤心，辍朝七天，并下令厚葬万贵妃。