朱熹大肆鼓吹“革尽人欲，复尽天理”，但在宋庆元二年（1196年），监察御史沈继祖却列举了大量事实，揭露他言行不一：他曾引诱两个尼姑做妾，出去做官时都带着她们；他的大儿媳在丈夫死后却怀了孕，等等。（《四朝闻见录》丁集。）这真是特大丑闻，程、朱理学一时名声很坏。宋宁宗降旨要贬朱熹的官，朱熹吓得赶紧上表认罪，不仅承认了纳尼做妾等事，连几十年“正心诚意”的大学问也不讲了，说自己是“草茅贱士，章句腐儒，唯知伪学之传，岂适明时之用”，表示要“深省昨非，细寻今是”。（《朱文公文集》卷八十五。）这些事都表现出朱熹等人的丑恶与虚伪。陈亮等人和他反复辩论多年，他始终坚持自己的观点，现在一看政治风向不对，马上承认自己大力提倡的那一套是“伪学”，要“深省昨非”了，这是非常没有原则与节操的态度。
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朱熹还有一件被人议论纷纷的事情。当时的天台有一个叫严蕊的营妓，文才、音乐、歌舞都好，色艺冠一时。有一个叫唐与正的人做台州知州时宴客，曾叫严蕊陪过酒，严蕊即席赋词，唐与正很欣赏她的文才，赏赐她两疋缣帛。以后，朱熹来了，任提举浙东常平茶盐公事，在浙东路巡视部属。他想把唐与正扳下来，要找他的“罪状”，就想在严蕊这边打开缺口，因为知州作为一州的行政长官，必须是民望所归，如果和营妓有奸情，必然有伤风化。可是，找严蕊来问，严蕊坚不承认和唐与正有什么苟且的事，无论怎么诱供、拷打，都不承认，于是把她关在狱中几个月，一再受刑，被打得死去活来，仍咬牙不承认。有的狱官可怜她，劝她说，你是个妓女，这种事也不是什么大罪，你就承认了吧，何必这么挺着受罪呢？严蕊说，我是个贱妓，即使和太守有什么性关系，也不是什么大罪，对此我是明白的，但是事实是怎么样就是怎么样，怎么可以乱说呢，我虽死也不能诬陷别人啊！于是朱熹把她再关再打，仍无结果。这件事传出去以后，许多人都敬佩严蕊，甚至孝宗皇帝都知道了这件事。
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不久，朱熹被调走了，岳霖（岳飞的第三子）为御史，过问了这件事。在提讯严蕊时，叫她作一首词以表白自己，严蕊不假思索地口赋《卜算子》一首：“不是爱风尘，似被前缘误。花落自有花开时，总赖东君主。去也终须去，住也如何住，若得山花插满头，莫问奴归处。”（周密：《齐东野语》。）这首词很有名，流传至今。岳霖很同情她，当天就判决她从良，她后来被一个宗室纳为妾，得以善终。
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从这件事可以看出朱熹的丑恶人品，且不论他罗织罪名陷害官员是十分卑劣的，而为什么要这么拷打一个无辜的妓女且要致以死地呢？身为营妓，任人攀折，特别是官员要她怎么样，她能不听命吗？何况还没有这回事！而且，朱熹“纳尼做妾”，又有什么资格道貌岸然地在公堂上查别人“嫖妓”的事呢？皇帝要查他的事了，他就吓得屁滚尿流，承认自己是“腐儒”、“伪学”，要“深省昨非，细寻今是”，把自己彻底否定，把自己毕生鼓吹的“正心诚意”那一套“大学问”彻底否定了，他还真不如那个坚持真理、宁死不屈的妓女来得有骨气呢！