1939年贝格曼在斯德哥尔摩发表的《新疆考古研究》中，对小河流域考古调查及发掘工作进行了详细介绍。小河墓地宏大的规模、奇特的葬制，以及所蕴含的罗布淖尔(罗布泊古代的称谓)早期文明的信息，引起了世界学者的广泛关注。但直到20世纪末的60年间，再无任何后继者能抵达小河墓地。小河墓地深藏在罗布沙漠之中，失去了踪影。
2000年12月11日，新疆文物考古研究所研究员王炳华随深圳一家公司组织的摄制组借助地球卫星定位仪进入罗布沙漠，终于再次找到了小河墓地。2005年3月，全面发掘工作圆满结束。“小河墓地之所以引起世人的关注，关键是它的许多发现至今仍是个谜。许多东西很神奇，有待于我们深入进行研究。”发掘负责人说。
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谜团之一：没有发现生活遗迹
任何一个史前遗迹中，都会有先民的生活遗迹的发现。但在小河墓地的周围甚至十几公里远的地方，考古队经过仔细调查，都没有发现和小河人处在同一时期的生活遗迹。那么，小河人的生活遗迹在哪里呢?
谜团之二：棺木为何像艘船
小河墓地是一种累层叠加的墓葬形式，上下一共五层。木棺像倒扣在岸上的木船，将死者罩在其中，两根胡杨树干被加工成一对比人体稍长一些的“括号”形，这是棺木的侧板，“括号”两头对接在一起，将挡板楔入“括号”状棺板两端的凹槽中固定，没有棺底，棺盖是十多块宽度依棺木弧形而截取的小挡板。活牛被当场宰杀，立即剥皮，整个棺木被新鲜的牛皮包裹。牛皮在干燥的过程中不断收缩，沙漠中干旱的气候会蒸发牛皮中所有的水份，最后牛皮紧紧地、严密地将棺木包裹。为何这样建造像艘船一样的棺木，考古学家不得其解。
谜团之三：缘何极度生殖崇拜
小河墓地给人留下的第一印象就是沙山上密密麻麻的胡杨木柱，有190多根，根据死者性别的不同而不同。女性棺前立的是基本呈多棱形的上粗下细的木柱;上部涂红色，缠绕毛绳，固定草束;男性棺前则立一外形似木桨的立木，大、小差别很大。上粗下细的木柱象征男根，木桨形立柱象征女阴，这成了小河墓地神秘而惊世骇俗的生殖崇拜文化景观。而在一些女性墓里，用胡杨木做成的男根被放置在身旁。有的墓里还放了两根。这种极度崇拜生殖的方式举世罕见，为什么会这样，考古学家不得其解。
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谜团之四：小河是怎么消失的
我们看到了小河人的死，却找不到他们生的痕迹。有学者推测，小河也许是一个古代居民们的公共墓地或者是贵族的墓地?人类学家摩尔根说：“世界文化的钥匙遗失在了塔克拉玛干。”探索小河墓地，对罗布泊地区的古人类研究有着特殊的意义。就小河墓地所代表的文明来说，他们的消失是最大的谜团。究竟是沙漠吞噬了这个文明?还是一场瘟疫毁灭了这个文明?又或者是战争?目前，谁也无法解释这个谜团。
谜团之五：罕见的泥壳木棺
南区和北区共发现泥壳木棺4座，从北区采集到的大量被扰乱的棺木中至少还有5座。泥外壳棺与原先发现的船形棺不同，棺盖呈长方形，整个棺盖被一层层土严严实实地包裹着。棺盖下方是一个木板室，木板室由木块拼接而成，木板室下面才是小河墓地常见的船形棺。最让人称奇的是，这4座泥外壳木棺里发现的都是成年女性，随葬品较为丰富。为什么这些成年女性用泥外壳木棺，考古学家不得其解。
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谜团之六：木尸墓和其他
在此次发掘中，从六座墓葬里发现的不是尸体而是木尸。考古人员从墓棺前木柱上的遗迹分析，这六座木尸墓是在短时间内连续埋葬的，墓主均为男性，木尸的形态也基本相同，面部扁平，绘着红色的X纹。其中有一座是二具男性木尸的合葬墓。贝格曼这样形容小河墓地的遗民：漂亮的鹰勾鼻，微张的薄嘴唇与微露的牙齿，为后人留下一个永恒的微笑。
此次小河墓地的发掘共发掘墓葬167座，出土珍贵文物1000多件。小河墓地所展示的文明，与我们熟知的古代文明全然不同。伊弟利斯感慨地说： “这个墓葬在国内独一无二，在世界上也没有任何墓葬与之类似。要准确地揭示它的秘密，仅仅依靠考古和历史学的知识是不能完全解释的，应该请各学科的专家到现场，置身于真实的环境中具体研究，包括考古、环境、人类学、植物学、动物学、原始宗教学等多学科专家参与，这样研究工作才能进行得更快更好，这些谜团才可能一一解开。”