建文帝即位之时，难以胜任对叔父辈藩王的驾驭，尤其是活跃于北部边境的燕王，为巩固南京政权的稳固，即位仅两个月后，便断然削藩。他采纳黄子澄的建议，由于顾忌燕王的军事实力，决定先断其羽翼，而且首当其冲的就是燕王一母同胞的兄弟周王。
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以此为开端，建文政权连续展开削藩。洪武三十一年十一月，齐王被削藩，第二年即建文元年(1399年)正月是代王，四月是湘王，六月是岷王，在不到一年的时间内，总共有五个藩王被剥夺王位。其中，最悲惨的当数湘王：他不屑于被官差抓捕，关闭王府大门，放火自焚，悲愤而死。
面对南京政权步步紧逼的削藩政策，燕王绝不是束手待毙。当初，建文帝对周王削藩之际，燕王立即上书建文帝，为周王求情，而且，言辞极其恭敬卑微，以“至亲之情”恳求建文帝不要重罚周王。
当然，燕王自己也知道上书不会起到任何作用，这只不过是他起兵计划中的一环，旨在为起兵争取更多的准备时间。上书被驳回后，燕王立即称病卧床，断绝与外界的一切来往，以此蒙蔽南京政权的监视耳目，借机闭门不出，隐身王府内，暗中筹谋起兵大计。其间，他在北平附近招募青壮充实护卫，并在各地寻求奇人异士等，加紧起兵的准备。
燕王府原本使用的是元朝的宫殿，占地很大，周围建有城墙堡垒，在王府的后院，由军师道衍亲自指挥，每天操练士兵。王府的地下设有秘密工场，日夜不停地打造兵器。
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为掩人耳目，在地表上建有建筑，周围建有围墙。而且，在王府后院饲养了很多鸭子和鸟，它们的叫声足以掩盖军队操练及打造兵器的声音，只是有不雅之嫌。
建文元年正月，为祝贺新年，燕王派长史葛诚进京。长史是负责藩王府内长史司的官员，承担对藩王的指导及总管王府政务的要职。燕王派深得自己信任的葛诚进京，表面上是为了庆祝新年，实际上是让他伺机探听南京政权的情况。
出乎意料的是，葛诚在建文帝召问之时，竟然背叛了燕王，将北平的情况和盘托出，并且约定，南京政权对燕王削藩时，愿做内应。葛诚大概是对陷入绝境的燕王失去信心了，为谋求自保而选择投靠南京。葛诚返回北平复命时心神不定，燕王立即判断出他已经投靠南京了。但燕王装作不知，让他继续与南京联络，以免惊动南京方面的耳目。
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面对南京政权的重重监控，燕王决定派三个儿子进京，以此迷惑南京政权，为自己争取时间。但这一决定很可能使自己的三个儿子被南京政权当作人质扣留软禁，可以说，这是燕王孤注一掷的豪赌。而南京政权没想到燕王如此应对，仓促之间确实有扣留他们的打算，然而，黄子澄害怕因此会刺激燕王立即起兵反叛而反对扣留，最后，决定放还燕王的三个儿子返回北平。
这是南京政权的又一次大失误，而燕王自然是非常高兴地欢迎三个儿子归来。