南京的明故宫，是一座神奇的宫殿，至今还隐藏着众多的未解之谜。早在600多年前，从朱元璋给明故宫选址开始，这里就迷雾重重、暗藏玄机。迷信风水的朱元璋违背古制，没有取“天下之中”建宫，而是决定将皇宫将于城垣东隅，后来明故宫又出现了“前昂后洼”，犯了风水说的“凶相”，加上宫中连连出现命案悬案，成了一座“凶宅”。
朱元璋是一个信风水、性情诡异的人，他选宫址也是按中国风水学原理进行的。南京的紫金山就像一条匍匐的龙，龙头就是在燕雀湖(今前湖)。而城南的三山，从上往下看就像一只蹲着的老虎。
朱元璋为了占据龙头，于是下令调集几十万民工开始填湖。可当时的燕雀湖面积很大，而且地势低洼，填湖填了很久才填满。由于填湖工程太大，累死了不少民工，耗费的土石不计其数。
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经过三个阶段的营建，明故宫终于建成了。只是，奉天殿、华盖殿、谨身殿等宫殿建在原先的燕雀湖中，重力太大又不均衡，导致了明故宫严重前高后低。
宫城“前昂后洼”，对信风水的朱元璋来说是“凶兆”。但迁都未成，65岁的朱元璋心灰意冷。当时的朱元璋已经意识到：王朝的兴衰成败自有天命。他只求老天能念他的一片赤诚之心，造福他的子孙后代。
朱元璋猜忌心理特别重，当年辅佐他夺天下的功臣，除了沐英等少数人之外，都成了刀下冤魂。朱元璋当政时，发生过两次杀人狂潮，一次是胡惟庸案，另一次是蓝玉案，两次杀戮共有10万人丧生。而这些决策都是在奉天殿宣布的，朱元璋辞世当天，那些没有生养的妃子都在后宫被勒令上吊而死，这批冤死的宫女、妃子至少有几十人。
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也许是杀戮太多，朱元璋当政时期，明故宫一带就陆续出现怪事。
洪武十五年(1382年)以后，朱元璋的皇室家族屡屡出现神秘死亡事件。洪武十五年，身体一向很好的马皇后突然肚子疼，当时，朱元璋请来了太医，但马皇后拒绝吃药，不久就在坤宁宫去世，享年56岁。马皇后的死亡不可能是谋杀，她的死充满了神秘性。
在马皇后死后不久，太子朱标的长子朱雄也夭折了，当时朱雄只有五六岁，死因不明。紧接着，朱标的妻子常氏也突然抱病，并很快去世。洪武二十五年(1392年)，朱标去了一趟西安就染上风寒，回到南京后死在东宫。从洪武十五年以后的10年之中，朱元璋就痛失了4位他非常喜爱的家人。
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朱标去世后，朱元璋的二儿子朱樉也去世了，洪武三十一年(1398年)，朱元璋的三儿子也去世了，这年的农历六月初八，朱元璋感觉身体不适，初十九驾崩了。
朱元璋驾崩后，其孙朱允炆即位。但朱允炆刚登基几年，他的叔叔朱棣就起兵了。在朱元璋攻下南京明故宫时，宫内燃起了熊熊烈火，大火熄灭，明故宫内的奉天、华盖、谨身殿都被火烧了。
明朝中期前后，南京明故宫发生了大火灾，前朝三大殿、内花园等先后遭火而毁，这是南京明故宫遭受的第二次浩劫。
崇祯皇帝上吊自杀后，小南明又迁都南京。但此时的明故宫已经破败不堪，奉天殿已经化为尘土。后来清军占领了南京，清军将军、都统二署设在明故宫。他们在里面肆意折腾，明故宫就剩下个大概轮廓了。后经过太平天国的第三次摧残，明故宫木、石材料已被搬运一空。