清太医院初设在北京正阳门内东江米巷，今东交民巷西口路北附近。太医院大门悬挂“太医院”匾。大门前左为“土地祠”，右为“听差处”。明清的太医院，兼具卫生部、总医院、医学院和保健局四种功能。
康熙三十二年(1693年)五月，康熙帝因患疟疾，服用法国传教士洪若翰等进的金鸡纳霜(奎宁)而病愈。光绪二十四年(1898年)九月初四日，法国驻华公使馆多德福医生曾为光绪帝诊病开药。但是，太医院始终是以中医中药为主。
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御医职掌主要八项：侍直、进御、扈从、奉差、储药、祭先医、诊视狱囚、施药等。其侍直，各以专科，分班轮值，在宫中称宫直，在外廷称六直。宫直在御药房及各宫外班房值班，六直在外直房(如畅春园、圆明园)值班。扈从，皇帝出巡，御医或奉旨点用，或按班轮值，都给夫马、车辆装载药材，还给账房需用等物。此外，王府、公主府、文武大臣等，太医奉旨前往。还给监狱囚犯、瘟疫患者等治病。所以，御医不一定都能给皇帝看病，给皇帝看病的不一定都是御医。
考选迁转太医院的御医，来自全国各地，从民间医生以及举人、贡生等有职衔的人中，挑选精通医理，情愿为宫中效力的人，量才录用。如康熙年间，北京同仁堂创始人乐显扬曾任太医院吏目一职，其子凤鸣承袭父业，雍正年间同仁堂供奉御药房的宫廷药材，前后八代，一百八十八年。太医院还设有教习厅，培养医务人才。经历六个寒暑，通过考试合格，才能录用为医士或医生。他们的晋升，六年考试一次，成绩合格，没有差错，一次升补。考试受八股文影响，如一次考题为“知者乐水，仁者乐山”，还看重书法。太医开药方，要字迹端好。这项人事录用和晋升制度的优长是：第一，将考选、迁转限制在院内，调出、调入均少，利于人才队伍稳定;第二，御医、吏目、医士等采取考试方式选拔，择优录用，利于业务水平提升。
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薪资待遇太医院的院使月银三两，左右院判、七品御医均月银二两二钱，吏目、医士月银一两五钱。雍正元年(1723年)规定：医士月给公费饭银一两五钱、米九斗。而一个普通太监月银二两，可见御医的俸银是偏低的。
御医治病《明史·职官志》记载，给皇帝看病六要：一要组成班子，院使、御医和内臣三方共责，相互监督。二要会诊，共同诊断。三要共同选药，联名封记药剂。四要共同监视煎药。五要共同尝药，就是每二剂合为一，煎熟，分作二器，一份御医、内臣先尝，一份进御。清朝比明朝尝药更为严格：一器由御医、院判、内监依次尝药;另一器进御。六要脉案方剂存档备查。
药房设药库储存药材。药材按定例给价，由药商采办，内药房医生切造炮制。清宫药房名目繁多，如御药房、寿药房、东药房、西药房、内药房、外药房、乾清宫药房、武英殿露房、长春宫药房、永和宫药房等。有储药、煎药、配制药品等职能。
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名医多非御医，御医多非名医。清代医学，重于考据，没有解剖学。康熙帝的人体解剖学著作，尚不能出版，遑论他人?名医王清任夜间解剖死刑者尸体，参证兽畜，著《医林改错》，为中国人体解剖学开山之作。后唐宗海推广发挥，著《中西汇通医经精义》。