上三旗包衣既然常任重要税差，内务府在清代财政体制中亦显得突出与关键。但差异在于：内务府的收入属于皇帝私人所有，户部管理的则是国家财产。
内务府的经费来源大概有几种：关税、庄园、人参和毛皮的专卖事业、官员的罚金(议罪银)、官员被抄家之后的人丁财产、贡品、宫中变价出售的物品、经营当铺、发商生息等。据赖惠敏的研究，我们可以更清楚地了解清朝皇帝如何精明地管理他们的家产。
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例如，开设当铺就是皇帝经营资本的一种手段，但由于官营当铺利息不能太高，以致于收益不多，经营困难。相较之下，皇帝更喜欢将内帑银两借给商人作为经营资本，即所谓“发商生息”。
清代资本雄厚的商人莫过于盐商，内务府包衣常任盐政，通过出任此差，包衣可替皇帝与商人搭建起联络的管道，也可以代替内廷监督商人的经营资本与还款状态。
值得注意的是，满洲统治者虽然有权运用内务府与户部两个口袋，却始终公私分明，从未混淆，显示了清朝的行政理性原则。甚至在大部分的时候，皇帝都是以内廷经费支持国家用度。乾隆四十六年的上谕就提到：“以内帑论，乾隆初年内务府尚有奏拨部银备用之事。
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今则裁减浮费，厘剔积弊，不但毋须奏拨，且每岁将内务府库银拨归户部者动以百万计。”到道光、咸丰初年，清廷仍可维持“户部用部库之钱粮，内务府动内府之进款。时有特沛恩旨，颁发内帑，以为赈济、河工、军饷之需，从无内务府向户部拨借银两之事”的规模。
直至太平天国乱起，内务府的财政受到严重的冲击与重创，自此改由户部支持内廷。但即便晚清皇室收入不足，统治者对于公私两个口袋的财用仍持谨慎心态，未尝改变，兴修颐和园即是一例。
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受康有为、梁启超等保皇派的论述影响，后人多认为清廷为了筹办慈禧六旬大寿，动用海军经费整修颐和园，是甲午战争失败的主要原因。
但光绪十四年宣布兴修园工的上谕中，具体宣布“工用所需，悉出节省羡余，未动司农正款，亦属无伤国计”的筹款原则，并为负责园工的醇亲王与李鸿章所遵守。与过去我们对于慈禧太后穷奢极欲的印象极为不同。