隋开皇二年(公元582年)，本着父母之命，媒妁之言，13岁的晋王杨广娶了12岁的萧氏。隋大业十四年(公元618年)的春天，天下大乱，隋炀帝被杀，萧皇后则落入了权臣宇文化及手中。此后“其自奉养，一如炀帝故事”。
可惜好景不长，宇文化及还来不及巩固他的力量，就被窦建德率领一帮兄弟杀上门来。窦建德自称“大夏王”，口口声声为死去的杨广报仇。
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宇文化及与窦建德在聊城展开了一场恶战，窦建德的军队战斗力很强，他还动用了抛石车。这种大规模杀伤性武器令宇文化及难以招架，聊城最终失守，落入了窦建德手中，而一同被窦建德接管的还有萧氏。
萧氏再次落入男人的手里，这次她选择了自尽，却被窦建德的部下抢救了过来。窦建德自称是杨广的拥护者，对萧氏一直以礼相待，《旧唐书》里说：“建德入城，先谒隋萧皇后，与语称臣。”
虽然如此，但萧氏也并未获得真正的自由，她一直在窦建德的军中。虽然史书并未记载她曾被窦建德强行霸占，但从一些蛛丝马迹来看，似乎也可以对窦建德与萧氏的关系作出一些推断。
在《旧唐书》中有这样一段记载：“建德每平城破阵，所得资财，并散赏诸将，一无所取。又不啖肉，常食唯有菜蔬、脱粟之饭。其妻曹氏不衣纨绮，所使婢妾才十数人。至此，得宫人以千数，并有容色，应时放散。”
从这段记载中可以看出窦建德是个正人君子，他不会去霸占他人的妻女。而且最主要的是，窦建德的妻子曹氏十分彪悍，对窦建德看管严格，绝不允许他与别的女人有染。而且萧氏留驻时间并不长，约摸两三个月后，她又转到了突厥人的手里。
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突厥对于中原人来说是个心惊肉跳的词汇，其人粗狂豪迈，其俗更是令从小受儒家教育的中原人无法接受：在没有血缘的前提下，儿子可以继承父辈的女人，弟弟能够再娶兄长的妻妾。在突厥，女人就像牲口一般，被人随意接管，毫无感情可言。萧氏之所以会去突厥，是因为突厥的义成公主，从窦建德手上要走了她。
这位义成公主被隋文帝杨坚嫁给了启明可汗。后来，她的丈夫死了，她便又改嫁“儿子辈”的始毕可汗、处罗可汗和颉利可汗。
到突厥后，她随同义成公主一起纳入了处罗可汗的寝帐。处罗可汗死后，姑嫂两个又顺理成章地嫁给了他的弟弟——颉利可汗。
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在突厥生活的萧氏早就断了回中原的念头，一直到贞观四年(公元630年)，突厥大败，义成公主去世，颉利可汗遭擒，她才回到长安。回到长安后，虽然受到了礼遇，但她却深居简出，独自生活了十八年后，孤独终老。
《资治通鉴·唐纪》里说：“庚子，隋萧后卒。诏复其位号，谥曰愍;使三品护葬，备卤簿仪卫，送至江都，与炀帝合葬。”萧皇后死后，她与隋炀帝合葬在了一起，夫妻二人最终相守在了一起。