《三国演义》关于曹操多疑而杀华佗的故事广为流传，曹操得了头风病，华佗认为这种病的病根在脑袋里边，叫“风涎”，建议曹操先服用麻沸散麻醉，让后以利斧劈开头颅，做手术取出“风涎”，才能彻底治好病。曹操怀疑华佗想趁机暗害自己，于是就杀掉了华佗。
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这个段子属于罗贯中的杜撰，事实上，华佗被杀的原因是违反了汉朝的法律，犯了“欺君”、“不从征召”之罪，这两条都是死罪。
曹操生病，请华佗治病，华佗看过之后说：“此近难济，恒事攻治，可延岁月。”就是说这种病需要长时间治疗，很麻烦。曹操有意想留华佗长时间给自己调理身体，但是华佗很不情愿给曹操当私人医生。
恰巧这个时间，华佗收到家书，于是借口妻子病重，请假回家了。几天后，曹操再次派人去请华佗，华佗说妻子的病还没治好，就推辞了。
此后曹操多次写信征召华佗，华佗很固执，就是不去京城许昌。曹操无奈之下，就下诏命令郡县官员“征发遣送”，华佗见使者名义上是来请，实际上等同于绑架，强迫性役使，因此坚持不从。
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曹操暗中派人调查，如果情况属实，就赏赐给华佗小豆四千升，延长休假期限，倘若撒谎，就立即抓捕，押送许昌监狱。
调查结果发现，华佗的妻子根本没生病。于是曹操就命人把华佗逮捕，投入监狱。荀彧当时为华佗求情：“华佗医术高明，他的生死牵扯着很多生命，应当宽容这个人。”曹操很恼火：“何必担心，天下还愁没有超过这个无能鼠辈的人吗?”最终还是杀害了一代名医华佗。
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华佗生前著有医书，临终前交给一个狱吏，这位狱吏不敢收藏传给后世，华佗无奈，乞火焚烧了这部书，这里面有多种外科手术方法、包括麻沸散在内的经典方剂以及大量的临床经验之谈等重要内容，华佗之死以及著作被毁，实在是中医史上一大千古憾事。