当年三月十日(1881年4月8日)早晨，因为前一天感冒而身体不适的慈安太后在摔倒后不省人事，经抢救无效，在戌时(晚上19点到21点之间)去世，享年45岁。
因为慈安太后死得非常突然，据说很多听闻皇太后驾崩的臣僚都以为是之前久病的慈禧太后去世了，待搞清楚事实，不免惊诧，久历官场的大臣官员自然不会当面说什么，但是传闻就传开了。
比较突出的一个就是慈安太后被慈禧太后毒死的说法。
又是《崇陵传信录》：
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光绪辛巳三月十一日，孝贞皇后崩，时慈禧病甚剧，慈安固健康无恙。凶信出，百官皆以为西圣也。继而知为东后(时两太后分居东西，即以东太后、西太后别之。宫中则皆曰「东佛爷」、「西佛爷」)，乃大惊诧。相传两太后一日听政之暇，偶话咸丰末旧事，慈安忽语慈禧曰：「我有一事，久思为妹言之。今请妹观一物。」在箧中取卷纸出，乃显庙手敕也。略谓叶赫氏祖制不得备椒房，今既生皇子，异日母以子贵，自不能不尊为太后，唯朕实不能深信其人，此后如能安分守法则已，否则汝可出此诏命廷臣传遗命除之。慈安持示慈禧，且笑曰：「吾姊妹相处久，无间言，何必留此诏乎?」立取火焚之。慈禧面发赤，虽申谢，意怏怏不自得，旋辞去。十一日，慈安闲立庭中，倚缸玩金鱼，西宫太监捧盒至，跪陈曰：「外舍顷进克食(满洲语牛奶饼之类)，西佛爷食之甚美，不肯独用，特分呈东佛爷。」慈安甚喜，启盒拈一饼，对使者尝之，以示感意。旋即传太医，谓东圣骤痰厥。医未入宫，而凤驭上升矣。慈安沉默寡言笑，守家法，知大体。同治初年，戡定海内大计，慈安主持于上，恭忠亲王文相国翊赞于下，以成中兴之功。慈禧素严惮之。辛巳后，土木游宴之风始盛(或传咸丰时，大学士肃顺曾密疏请文宗行钩弋故事，固孝钦听政，首除肃顺，而摭拾跋扈罪状，以成其狱)。
这个说法，直指慈禧是下毒的凶手。
除中毒说以外，还有自杀、错用药物等说法：“自杀说”出自《清稗类钞》，书中记载：
或曰：孝钦实证以贿卖嘱托，干预朝政，语颇激。孝贞不能容，又以木讷不能与之辩。大恚，吞鼻烟壶自尽。
《清朝野史大观》里又提到：
或曰慈禧命太医以不对症之药致死亡。
自杀、“吃错药”、“中毒”，无论哪种都是非自然死亡，事实果真如此吗?
慈禧毒杀慈安的说法，严格来说并不成立。
因为所谓遗诏杀死东太后的说法实在太像中国戏曲中那种先皇留下某件信物可以上打昏君下打谗臣的桥段，不符合清朝的体制，最重要的是，这段绘声绘色地故事除了当事人两人外，不可想象有一个太监宫女听到看到又不知死活地到处大嘴巴。金梁曾言：
近人依托宫闱，流言无实，尤莫甚于恽氏笔录所载孝贞暴崩事。即云显庙手敕焚毁，敕语何从而知?食盒外进，又谁确见?”(《清后外传》)
说的就是这个道理。
另外，慈安太后去世时，“顿觉不适，然亦无大苦”(《清朝野史大观》)，没有中毒的迹象。
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最为全面详尽的描写见于《翁同龢日记》，身为皇帝师傅和礼部尚书的翁同龢在日记中详细记载了慈安太后发病的全过程：
慈安太后在4月8日早晨摔倒，整个上午牙关紧闭意识模糊，到了未时(下午13时到15时之间)大小便失禁，有痰堵塞气管，酉时(下午17时到19时之间)，六脉将脱(心跳濒临停止状态)，痰壅气闭如旧，最后在戌时去世。整个过程详尽而完整，没有显示任何毒发身亡的迹象。
有人要说，翁同龢身为臣子，自然不敢说出真相，如果真相涉及宫闱秘事和政治斗争。
但问题在于翁同龢此时正是礼部尚书，礼部主管皇室的婚丧大典，慈安太后的大丧份属他的职责范围，妥帖办好就是，没有必要追溯医案来洗地，显示一副我其实都知道但我就是不会说出去的“忠心”嘴脸，这是主子也不喜欢的。
事实上从医案本身初步判断，慈安所患之病应为现代医学中的脑血管疾病。
慈安太后的脑血管疾病并非本是宿疾。仅仅根据《翁同龢日记》，其中就曾经记载过慈安太后之前的两次病发情：。一次是同治二年二月九日(1863年3月27日)，她26岁时“自正月十五日起圣恭违豫，有类肝厥，不能言语，至是始大安”;另一次是同治八年十二月四日(1870年1月5日)，她33岁时再次病倒，“昨日慈安太后旧疾作，厥逆半时许”。这些所谓肝厥、厥逆的症状都说明慈安太后患有脑血管疾病，只是年轻时身体本身条件较好以及抢救及时，没有恶化。
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到了45岁时的这一次病发，终于无救——考虑到现代医学也不能打包票及时救治处理相关疾病，慈安太后的暴亡虽然事发突然，也不免启人疑窦，但无疑是自然死亡的概率更大一些。
当然，慈安太后的死亡最大的受益者无疑是慈禧太后，自此，她的权力在法统制度上少了一个非常重要的制衡。
光绪八年十二月，病体痊愈、独揽大权的慈禧太后因为晚清著名外交官薛福成的兄长薛福辰给自己治病有功，加赏头品顶带，调补直隶通永道，是年除夕，慈禧亲书“福”字和“职业修明”匾额赐给薛福辰，同时赐紫蟒袍、玉钩带一副，又赐宴体元殿、长春宫听戏。
这份酬庸从她的角度理所当然，因为如果没有遇到薛福辰，慈禧太后本人也可能就在40几岁的年纪和慈安太后一样仙逝，少活将近30年。