一说起清初的历史，就不得不提到两个人：摄政王多尔衮和孝庄太后。他们两人一个为清朝最终能够成功定鼎中原，居功至伟;一个培养和辅佐顺治、康熙两代皇帝，是中国历史上有名的贤后。但除了两人都对清朝做出了卓越贡献外，他们彼此之间也有一段历史谜案，即太后下嫁之谜。
多尔衮是清太祖努尔哈赤的第十四子，清太宗皇太极的同父异母兄弟。他十七岁开始带兵南征北战，立下了赫赫战功，被封为和硕睿亲王。皇太极死后，多尔衮拥立皇太极第九子福临继承地位，即顺治皇帝，多尔衮则被封为摄政王。清朝入主中原后，多尔衮又被相继封为叔父摄政王、皇叔父摄政王、皇父摄政王，一时间权倾朝野，无人能及。
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孝庄太后是皇太极的侧福晋，皇太极死后，她因儿子福临被拥立为皇帝，母以子贵，被封为圣母皇太后。孝庄在皇太极在世时，并没有什么突出的表现，不过她却是个极其聪明的女人。当顺治继位后，她的这种聪明才智便开始崭露头角。
当时清朝主要有多尔衮和豪格两派势力。豪格是皇太极的长子，皇太极去世后，许多人都支持豪格继承帝位。后来因多尔衮的强烈反对，最后才搞出了一个折中方案，拥立年仅六岁的福临为皇帝。因此，孝庄心里很明白，如果想要保住顺治的皇帝宝座，那就必须依靠这两派势力中的一派。同豪格相比，显然多尔衮对帝位的威胁要小很多，而且豪格在争夺帝位失败后，也迅速失去了支持，实力已远不如多尔衮。所以，孝庄处处讨好多尔衮，对他的亲密程度要远超其他大臣。朝野上下便开始逐渐传出了孝庄太后和多尔衮有不正当关系的传闻。
南明抗清英雄张煌言在其著作《建夷宫词》中写道：“上寿觞为合而尊，慈宁宫里烂盈门。春宫昨日新仪注，太礼恭逢太后婚”，明确指出孝庄太后下嫁给了多尔衮。清朝史学家蒋良骐在《东华录》中记载，多尔衮后来遭顺治帝清算，其中有一条罪状就是指多尔衮“亲到皇宫内院”。历朝历代，皇宫的朝堂和后宫是有严格的分界线的，后宫除了皇帝本人，其他男子一概不得进入，哪怕是成年的皇子也不能列外，多尔衮能进入后宫，可见其与孝庄关系不一般。那么，孝庄太后和摄政王多尔衮究竟有没有不正当关系呢?
实际上，孝庄太后下嫁给多尔衮这种说法是站不住脚的。因为张煌言对清朝怀有敌意，所以在词中诽谤实属情理之中。而且张煌言本人身处南方，怎么会知道北京慈宁宫中到底发生了什么?而且，孝庄是在顺治十年慈宁宫修缮之后才搬进去的，但多尔衮已于顺治七年(1649年)十二月去世，时间上也对不上。
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多尔衮能进入皇宫内院也并不能说明孝庄下嫁给他。从史料上的记载来看，多尔衮生前一直居住在睿亲王，后来他还嫌顺治皇帝印信在皇宫中，每次调兵遣将都要奏请，十分不便。于是就把皇帝印信都搬到自己的府中，以方便办公。如果多尔衮经常出入皇宫内院，那他就自然没必要这么做了。
不过，孝庄太后没有下嫁给多尔衮，并不代表她和多尔衮没有不正当关系。从种种迹象上来看，孝庄和多尔衮之间的关系确实很值得人深思。
首先，皇太极去世的时候，孝庄才三十岁，多尔衮三十一岁，两人年龄相近。孝庄为了能稳住大权在握的多尔衮，除了不断的给他封号和赏赐外，把自己也“献身”给多尔衮是很有可能的。后来多尔衮被封为皇父摄政王，无疑就是把孝庄置于妻子，顺治皇帝置于儿子的地位。
其次，多尔衮是比较贪图女色的。他的妻妾究竟有多少已很难说清楚，但有名分可查的妻子就有十人。当时多尔衮权倾天下，俨然以太上皇的身份自居。因此，他同孝庄发生关系也就不是什么稀奇的事了。
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此外，孝庄去世后，她的墓葬安排也从侧面印证了她和多尔衮之间的有过不正当关系。按照清朝的葬礼制度，孝庄太后应该和她的丈夫皇太极一起合葬到位于沈阳的昭陵。可孝庄却留下遗嘱，说自己心恋顺治、康熙父子，不忍远去，因此要求葬在河北遵化的清东陵。康熙皇帝遵照孝庄的遗言，将孝庄葬到昭西陵。可值得让人奇怪的是，昭西陵位于清东陵陵区之外，而且康熙连地宫都没给自己的皇祖母修建(后来雍正登基后，才给昭西陵修建了地宫)。
孝庄太后地位尊崇，身份甚至要高于顺治皇帝。将她葬到清东陵的外面，而且不修建地宫。唯一能说得通的理由就是，孝庄当年和多尔衮有过非比寻常的关系。因此既不方便将孝庄太后的陵寝安排到沈阳昭陵，也不方便将她的陵寝安排到清东陵的皇家陵区之内，甚至不方便给她修建地宫，以免孝庄太以及自己将来到了地下，无法向列祖列宗解释。所以只能委屈自己的皇祖母了。