很多人受到近亲结婚危害的宣传，产生了一种误区。以为近亲结婚，其所生子女就会不健康，甚至会是畸形。其实，这是一种误解。近亲结婚的危害是近代的话题，而在古代近亲结婚是很频繁。如《红楼梦》中的贾宝玉与林黛玉、薛宝钗，就分别是姑表亲与姨表亲。
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而在历史上，还经历过比姑表亲、姨表亲关系还亲近的婚配阶段。许多民族起源，都传说是源於一对兄妹，如我国的伏羲、女娲，日本的伊邪那岐与伊邪那美等等。
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混血的确会引人新的优势基因，但同时也会造成其自身家族的优势基因的丧失或引人了劣势基因。我们都知道血统纯正的阿拉伯马及一些名贵犬之类，都是因其血统纯正而保有其品种优势的。其实，人类也是一样的。但是，长期过度地近亲结婚、近亲繁殖却也会让其家族的某些隐形疾病的基因得到累积。所以，在《权力的游戏》中瑟曦说：坦格利安家族生下的子女，要么是天才，要么是疯子。
古人没有现代医学和现代基因学方面的知识，他们反对近亲结婚，是为了减少伦理麻烦。所以只要不乱辈分，近亲结婚并不阻挠。另外，从基因学上说，近亲结婚并非就一定得病，更不是每个近亲都会生出傻子来。
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古代孩子出生率很高，但存活率很低，几乎家家都会有夭折的孩子，上到帝王，下到百姓，没有能逃脱得了的。这其实就是基因缺陷造成的，帝王家为了保证血统纯正，两族交好，经常是祖祖辈辈的通婚。
总的来说，近亲结婚有太多不确定性，谁不敢说自己生的就继承了所有好的优点，所以，明令禁止近亲结婚是必需的。