同所有的皇帝一样，刘秀当了皇帝以后，同族、亲戚都要大沾其光。同族中随同起兵的族父、族兄们，非封王即封侯。叔父刘良封赵王;大姐刘黄封湖阳长公主;三妹伯姬封宁平长公主;被刘玄杀了的大哥刘縯追谥为齐武王;他的两个儿子，一封齐王，一封鲁王;在小长安战役中，死去的二哥刘仲，被追封为鲁哀王;二姐刘元被追封为新野长公主。刘秀的母亲樊娴都老太太是湖阳县人，卒于起兵前夕，湖阳樊氏一家封了五个侯;刘秀的外祖父樊重，刘秀是否见过，史无明载，追爵谥为寿张敬侯，在湖阳专为立庙。总之，春陵的刘氏家族及亲戚们一切都加官晋爵，风光无限。
刘秀共有十一个儿子，有五个是皇后郭氏所生，美人许氏生了一个，皇后阴氏生了五个。刘秀于建武二年(公元26年)，立郭氏为皇后，立郭氏子刘疆为太子、阴氏为贵人。建武十七年(公元41年)，废郭氏，立阴氏为皇后。建武十九年(公元43年)，废郭氏子刘疆，立阴氏子刘庄为太子。
阴氏，就是南阳新野的阴丽华，是刘秀多年梦寐以求的美人。更始元年(公元23年)六月，刘秀经“昆阳之战”成了英雄，与阴丽华成了婚。这年刘秀二十九岁，阴丽华十九岁。
九月，刘秀要去洛阳任司隶校尉，暂把阴氏送回新野。十月，刘秀又被派往河北。次年春，大约二三月间，刘秀又在真定娶郭氏。
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郭氏，名圣通，真定国槁县(今河北石家庄东南)人，是当地大富豪。当时，刘秀既需要贵族势力的支持，又需要富豪的钱粮援助，作为政治联姻，娶郭圣通为妻。第二年，即建武元年(公元25年)十月，刘秀住进了洛阳宫以后，就派人把阴氏接到洛阳，建武二年二月，册立郭氏为皇后，阴氏为贵人。
刘秀和阴氏在一起的时候最多，有时出征也带着她，汉明帝刘庄就是建武四年(公元28年)，阴氏随刘秀出征彭宠，到达元氏时生下的。
因为刘秀最喜爱刘庄，经常带在身边，不免引起郭氏的嫉妒和担心。刘秀就指责郭氏“怀执怨怼，数违教令”。当刘秀的统治完全巩固以后，建武十七年(公元41年)十月，终于把郭氏废掉，换上了他最喜爱的人-阴丽华。
郭氏被废，给太子刘疆带来了巨大压力，他惶恐不安，一再要求辞掉太子、与别的弟兄平等，还经常托朝臣和弟兄们向父亲转达心愿。起初刘秀不许，拖了一年多。
建武十九年(公元43年)六月，刘秀才把他与被封为东海王的刘庄换了位置。刘秀对刘疆有所歉意，加大了他的封土，给了他不少超出诸王的待遇。
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刘秀对贵戚的过分行为有所约束，一般能够理智对待。司隶校尉鲍永、都事从官鲍恢抗直不避豪强，敢于弹劾贵戚的恣纵行为，曾弹劾刘秀叔父赵王刘良仗势呵斥京官为“大不敬”，刘秀借此告诫贵戚们应当约束自己，“以避二鲍”。刘良临死时，刘秀去看他，问他有什么要说的话。刘良说他没有别的话了，只有一件事，他的朋友怀县李子春犯了罪，县令赵熹要判他死刑，希望能保住他的命。刘秀说：“官吏执行法律，我不能徇情枉法。另说别的愿望吧。”
刘秀大姐湖阳公主的奴仆大白天行凶杀人，躲在公主家中，官吏不敢捉捕。洛阳县令董宣听说公主要出夏门(洛阳城北面最西头的门)，以杀人的那个奴仆驾车，就在夏门外万寿亭截住车子，把公主数落一通，当面杀了那个奴仆。公主立即回宫告到刘秀那里，刘秀大怒，把董宣召来，要当面打死。董宣说：“请求皇上允许我说一句话再死。”刘秀说：“你想说什么?”董宣说：“靠着陛下的圣明大德，汉朝才得到中兴。现在放纵奴仆杀人，将怎么治理天下?我不用打，还是自己死吧。”说着就把头撞到柱上，顿时血流满面。刘秀赶紧要小太监抱住，要他给公主叩个头，让公主消消气。董宣坚决不叩，刘秀就要人按着脖子强叩，董宣就两手撑地，最终也没有叩。湖阳公主不满地说：“文叔当平民百姓时，经常藏匿逃犯，官吏不敢上门追捕。如今当了天子，就不能在一个县令身上施加一点威严?”刘秀笑着说：“这就是天子与平民百姓不同啊。”
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刘秀事后奖励了董宣，给他加了一个“强项令”(意为刚强不肯低头的县令)的美名，后来刘秀一直记住这个县官。董宣当了五年洛阳令，七十四岁时，死在任所。刘秀派专人临视，见他家中，一贫如洗，只有一块布盖着尸体，妻子和儿子对哭，刘秀伤情地说：“董宣廉洁，他死了我才知道!”
建武中元二年(公元57年)二月戊戌日，刘秀在洛阳南宫前殿去世，临终的遗诏说：“我无益百姓。丧葬，一切都要像孝文皇帝那样，务从约省。刺史、俸禄二千石的官吏，都不要离开城郭，也不要派官吏来吊唁。”