于吉就这么被杀了,当然有信奉的人就说,于吉没有死,而是脱下皮囊成仙了。裴松之还引用了几家相关史料,大都是说于吉如何有神通,却依旧被孙策斩杀。孙策为什么要杀于吉，情况非常复杂，我们这里不说是不是于吉挑战了孙策个人的权威，而先说说于吉这人。于吉出场便被捧为神仙，地位崇高。我们要知道，佛教大约是汉明帝时期传入中国的，佛教的出现，才有了道教的产生。道教就是为了对抗佛教而横空出世的，佛教讲轮回，道教讲修道成仙，这些和世俗政权有时是相抵触的，在中国，皇权永远高于宗教权，当宗教权挑战皇权时，其结果可想而知。于是乎，明白于吉为什么要被孙策所杀。
如果孙策不杀于吉，任凭他在自己的地盘发挥发扬，最后的结果就是成就了于吉的美名善行，突出了孙策的暴虐，那么长此以往，直接会威胁到江东政权的稳固，甚至有可能一夜崩溃。这不是笔者在危言耸听，诸位看看，在孙策掣宝剑令左右速斩于吉，众官还在力谏，当时孙策是怎样的表现，策怒曰:“尔等皆欲从于吉造反耶!”众官乃不敢复言。这是什么?这有逼宫的味道，看不见的硝烟，人们眼里只有于吉，少了孙策。孙策的命令遭到了消极抵抗，强烈的挑战。长此以往，孙策还怎么带兵打仗，与他的那些对手们一决高下。所以，孙策是明智的，看得深远的，有独到眼界的，不愧为“小霸王”的称呼。
其实，于吉即使去到曹操、刘备那里，其结果都是一样的。为什么?
因为，若在和平时期，也可能遇上大度的君主，封个国师，帮助料理朝庭事务也不是没有可能，读《西游记》便知。但在攻城掠地，军阀混战，抢占地盘，都想做老大称王的混战之时，无疑是行不通的，乱世需重典。需要的是绝对权威，被崇拜的只能独尊，只能是王权，至高无上的威严哪儿会允许其它的来抢来夺，或者削弱，这也是于吉被杀提供了大前提。所以，不要认为曹操、刘备就只有悲天悯人的情怀，不杀人，看看孔融、吕布的下场。
当然，于吉也是清醒的，他自己也知道自己难逃一死，但为了宣扬自己的法术，弘法，也把生死置之度外了。
总的来说，于吉死得冤，也不冤。冤，这样一个为百姓做事，普施符水，救人万病之人，在战乱中被杀，确实有几分冤屈;说他不冤，也一点没错。因为于吉出现在一个不该出现的地点和时间节点上，我们想想，他要是出现在乡村，在和平时期，会被杀吗?答案是肯定的——不会，具体理由就不展开来说了。可他偏偏要出现在孙策的眼面前，出现在吴会，出现在孙策统兵打仗，建立根据地，扩充地盘的时间里，错矣。所以，做再正确的事，不管出发点多好，如果时间地点没有把握好。结果可能背道而驰，适得其反。
于吉就是例子。
于吉虽然在《三国演义》里出场急促，时间也短，但这股力量不可小觑。归纳起来，于吉的死，死于这三点：
一、 动摇了孙策的群众基础，那可是政权的根基。(群众膜拜)
二、 削弱了战斗力和凝聚力。(文武将官公然反对孙策)
三、 搞乱了法纪，败坏了秩序。(狱吏为了于吉私自宽刑，违法)