红楼梦妙玉结局遭受非议颇多，曹雪芹对妙玉描述是“可怜金玉质，终陷淖泥中”，这样看来结局一定是凄惨的。还有一种关于红楼梦妙玉结局是流落到烟花柳巷之中，成为了一个风尘女子，不过这种说法大多人是不认可的。
一、被迫流落烟花柳巷
由于《红楼梦》书中所写妙玉愤世嫉俗，为社会所不容，只能带发修道，而内心不正，在“四大家族”衰败之后，红楼梦妙玉结局被迫流落烟花巷，当起娼妓，又为世俗所不容。结果是“欲洁何曾洁，云空未必空。可怜金玉质，终陷淖泥中”，而《红楼梦》中“世难容”词曲为妙玉最后流落烟花巷写下最大伏笔。在红楼梦人物关系图中妙玉也是位列金陵十二钗之一。
二、被强盗轻薄自杀
在高鹗的续本第一~二回“活冤孽妙尼遭大劫，死雠仇赵妾赴冥曹”中，红楼梦妙玉结局被内贼何三引入的贼人使迷香闷住掳走。得知妙玉被抓后，惜春心想“但是他素来孤洁的很，岂肯惜命?”而第一~三回中，宝玉也说“这个人必不肯受，一定不屈而死”。可见高鹗为她安排的结局是为强人所掳，不堪淫辱轻薄，自寻了断的。
三、被老富翁买去做妾
有一条脂批说：“瓜洲渡口……红颜固不能不屈从枯骨”。推测起来红楼梦妙玉结局，她可能在荣府败落后流落到瓜洲，被某个老朽不堪的富翁(枯骨)买去作妾，这是多惨的悲剧。这应该是“终陷淖泥中”的含义，与高鹗续书写的被强盗掠去有别。
四、妙玉和忠顺王同归于尽
贾府此时已然颓败，成为政治斗争的牺牲品。贾母殡天，贾政绞毙，黛玉沉湖，宝钗化蝶，凤姐投河，湘云被卖。而宝玉因当年写下的《妫婳将军词》而获罪，忠顺王通缉宝玉却因其容貌相仿而捉到了甄宝玉。贾宝玉听说此事，自首换出了甄宝玉。就在此时，妙玉违背师傅“不宜还乡”的遗命，来解救贾宝玉。
她带了几箱名瓷古玩——包括四十一回栊翠庵品茶中的几样茶具，在瓜州渡口遇见了被卖入“花船”做乐妓的史湘云，并将她赎出。而后去求见忠顺王，要求用家传的几箱名瓷古玩交换贾宝玉。然而贪婪的忠顺王见美色起淫心，要妙玉连人带物一起作交换条件，妙玉竟然应允。
只是要求忠顺王当面放走宝玉，并要求宝玉和湘云一起远遁，不许派人追赶。妙玉终于看到宝玉湘云遇合离去。忠顺王要抱妙玉上床求欢，妙玉却说要先赏玩珍宝，忠顺王答应了。当他贴近观看时，妙玉拉动了箱外的机关，箱中有消息儿炸药，妙玉和忠顺王同归于尽。