学界对于军机处的创立原因亦是众说纷纭，但基本有一定共识。综合以往学者的研究，我认为军机处创立的原因主要有以下几点。
一是为了筹划西北军务。这是军机处成立的直接因素，也是学界一直以来基本肯定的军机处创立的主要原因之一。关于筹划军务的创立原因，可以从大量的史料中得到充分的论证，如王昶称“先是雍正七年青海军事兴，始设军机房，领以亲王、大臣……”嘉庆帝也说过：“自雍正年间初设军机处……本为筹办军务。”这些史料证明了清政府成立军机处的目的是应军务的需要，但若仅以此作为军机处的创立原因，则又失之片面和肤浅。
二是为了加强君主专制集权的需要。自1644年清朝入主中原，到雍正帝即位，清朝统治者逐步巩固了在全国的统治地位，并采取了一系列稳定社会和发展生产的措施，社会经济得到了恢复和发展。但是，清朝作为一个少数民族入主中原建立的王朝，满洲贵族集团在其中功不可没，清朝势必要保护满洲贵族集团的利益。这样，满洲贵族集团在清政府中权势的不断增长，日渐同皇权产生了激烈的矛盾。加之满洲固有的八旗军事组织，各旗王、贝勒共同参予讨论和商定国家重大事务的王大臣会议制度，这时仍是控制国家的主要决策机构。另外，这一时期的内阁虽然因有议政王大臣会议的存在，权力有所削弱，但是内阁毕竟位处宰辅，承旨出政，票拟本章，地位依旧很高。而内阁中有一些满洲大学士把持权力，与议政王大臣共同形成对皇权的威胁。这些都是阻碍皇权加强和集中的重要阻力。极大地束缚了中央集权的君主专制的发展，引起清朝前期历代皇帝的不满，顺治、康熙、雍正三位皇帝都同满洲贵族势力等进行过争权夺利，加强皇权的斗争。
到雍正时期，经过一段时间的政治斗争，他削弱了满洲贵族集团的上层势力，稳定了政治局势，另外社会经济正在持续恢复和发展。有权决定军国大事的、由满洲贵族组成的议政王大臣会议已经腐化，这时的王大臣“半皆贵胄世爵，不谙世务”既无实际经验，有无干练才能。内阁大学士一般也都是六、七十岁的老臣，缺少朝气。因此，雍正为了巩固和加强皇权，提拔了一批信任又有才干的近臣作为助手，军机处应运而生。
三是为了保守机密。军机处是因处理军务而设立的，而军务的处理不可避免地需要保守机密。但是已有的内阁和议政王大臣会议却难以做到这点，如康熙时就已训斥议政王大臣：今闻会议之事尚未具题，在外之人即得闻知。”雍正时也就保密问题责斥过内阁大学士：“凡大小臣工，而奉谕旨，国家政务，不当轻泄于外。”因此，到雍正时，亦是出于保密的需要，在深处大内的隆宗门内创立了军机处，“非奏事人待旨及上所宣召者，虽王公大臣不许私入。”这就符合了军事保密的需要。