《万国公报》是晚清时期教会创办的报纸中最具有影响的，也是存在时间最长的。它由美国传教士林乐知创办，对于晚清知识分子的思想启蒙产生了重要作用。
林乐知是美国监理会的传教士，他在1860年来到上海，先后供职于上海广方言馆、江南制造局等，主要进行教育和文化工作。1868年，林乐知在上海创办了一份报纸《教会新报》，该报每周一期，内容主要是传播教义，但发行量很小，并不是很成功。1874年，《教会新报》被改名为《万国公报》，仍然是每周一期。改名之后，林乐知将多数版面用于报导新闻，希望将《万国公报》的受众扩大到社会的各个阶层。《万国公报》主要包括时政新闻、宗教宣传、自然科学知识等内容，但销量仍然不佳，读者仅限于少数基督教徒。1883年，林乐知因为将主要精力放在了他自己创办的中西书院的经营上，因而无暇抽身办报，导致《万国公报》不得不暂时停办。
1887年，英国传教士韦廉臣在上海创办了文化机构同文书会(后改名为广学会)，林乐知也加入其中。次年同文书会决议重新发行《万国公报》。1889年，《万国公报》重新开始发行，林乐知负责主持，但此时《万国公报》已经成为同文书会(广学会)的机关报纸，改为每月出版一期。新的《万国公报》主要的目标读者是官僚士大夫，期望通过《万国公报》影响中国的统治阶层。与此前相比，《万国公报》既包括新闻、自然科学知识等，又增加了时评。
中日甲午战争以后，中国的官僚士大夫终于开始觉醒，《万国公报》的撰稿人趁此时机积极报导和评论甲午战争，引导中国士大夫向西方学习进行变法改革。《万国公报》在甲午战争后逐渐受到士大夫们的青睐，发行量逐年增加，《万国公报》发展到它的顶峰。1907年，随着林乐知去世，《万国公报》也不再发行。
《万国公报》在19世纪的最后十年影响力很大，从光绪皇帝到李鸿章等封疆大吏，再到康有为、梁启超等维新派都是其读者。《万国公报》不仅传播了西方自然科学知识，也对于戊戌变法及清末新政等晚清的变法改革起到了重要的推动作用。