清代的地方军事体制，分别设有八旗驻防军和各省绿营。这是两个独立的系统，八旗驻防就好比是现在的各大军区，而绿营官兵更类似武警和警察系统。他们在平时互不干涉，有独立的行政系统进行管理。
八旗驻防军是指的是满洲、蒙古、汉军八旗，它们受朝廷指派驻守全国各地险要之地，皆因地而设，以将军、都统、副都统、城守尉等武职驻守地方。顺治二年(1645年)，八旗军官兵驻守顺德、济南、德州、临清、徐州、潞安、平阳、蒲州等处;同年，又设江南江宁驻防四旗、陕西西安驻防四旗，这是清代最早的八旗驻防各地。
值得注意的是，各地驻防八旗与各边区之驻防大臣还是有所区别的，比如盛京将军、伊犁将军等。就好像大明朝的“九边”与卫所制一样。所谓的边区就是指大清边陲及少数民族地区的驻军，边区设置的大臣和将军，是所辖地区的最高军政长官，而各省驻防的八旗将军，在名义上是不能干涉地方行政的。
各省中设八旗将军驻防者共有九处：山西驻绥远城将军、江苏驻江宁将军、福建驻福州将军、浙江驻杭州将军、湖北驻荆州将军、陕西驻西安将军、甘肃驻宁夏将军、四川驻成都将军及广东驻广州将军。
除了上面九个地区以外，在一些相对不是那么重要的地方，也驻防有八旗，不过等级相对较低，依次为都统、副都统、城守尉、防守尉等。
各省中设都统、副都统驻防的地区有：直隶驻张家口都统、热河都统、直隶驻密云副都统、山海关副都统、山东驻青州副都统、甘肃驻凉州副都统，计六处。
各省中设专城驻防城守尉共有四处：直隶驻保定城守尉、驻沧州城守尉，山西驻太原城守尉、河南驻开封城守尉。
各省中设专城驻防防守尉共有七处：直隶驻宝坻防守尉、驻东安防守尉、驻采育防守尉、驻固安防守尉、驻雄县防守尉、驻良乡防守尉及驻霸州防守尉。
另外，还有属将军所辖的副都统十三人，由将军、副都统所辖之城守尉三、防守尉九，也都有驻守之责。按例，各省驻防的将军、都统、副都统等皆互不统属，他们直接受命于在京八旗都统管辖，一切军令则要听从皇帝，朝廷不设另外的机构对其管理。
清代的绿营兵，是沿袭了明代旧制。入关时，前明军队降清后，多以原建制随八旗出征或是就地驻守，每占领一城一地，即设官驻防，各省的绿营营制在早期并不固定。后来经过完善，绿营所属的各镇、协、营、汛才渐渐趋于成熟。
绿营兵以省为单位，在各省中单独设立，朝廷也没有统率机构，各省绿营兵均受总督节制，并设提督直接统率。按例，不设总督的省份也不设提督，该省巡抚兼提督衔，节制绿营兵马。此外，总督、巡抚和提督也有自己直接统率的部分军队，称为“督标”、“抚标”、“提标”。河道总督与漕运总督也有直接统率的绿营兵，称“河标”、“漕标”。
各省的绿营兵分为陆路和水师。陆路的绿营兵，各省设有若干“镇”，各镇的长官为“总兵”，总兵也有自己统率的军队称“镇标”;镇下设“协”、“营”、“汛”，协的长官为副将，营的长官为参将，或为游击、都司、守备，汛的长官为千总或把总、外委。
绿营兵和八旗的不同，它没有统一的兵额，基本上是以“营”为建制，营的大小也不一，有的营设参将、游击等，而有的营却只设千总、把总。主要还是看所驻防之地是否紧要。
水师包括内河水师和外海水师。内河水师设有长江水师提督及所属各镇、协、营;外海水师设有福建水师提督和浙江水师提督，各统辖有外海水师总兵及副将、参将以下各官。不过，水师各营同样也受地方督抚的节制。