先说结论，虽然从官员的品级上来看，尚书衔为从一品，总督衔为正二品，但是从清廷的实际操作来看，总督无疑有更大的权利。所以我选择做总督，下面来说一下我的理由。清代的官员等级为“九品十八级”的基本制度，一品之上的宗室王公视为超品，而九品以下则唤作未入流(同孙悟空的弼马温一个道理)。
清代的官吏体系又分为两大类，一是京官与地方官，二是文官与武官。从属正一品的有一些属于荣誉头衔，如太师、太傅、太保和殿阁大学士，而较有实权的正一品则是领侍卫内大臣、绥远将军和伊犁将军。
而属于从一品荣誉头衔的有少师、少傅，少保，太子太师，太子太傅，太子太保以及协办大学士。较有实权的从一品官员包括各部院的尚书，都察院御史，九门提督，内大臣，提督，都统，驻防将军。
从属于正二品的官员中也有一些荣誉头衔，如太子少师、太子少傅、太子少保和内务府总管。较有实权的则是各大地方实力派，如各省的总督，河道总督，漕运总督，以及山东巡抚(只有山东巡抚为正二品，其余省为从二品)。
所以从上面可以看出来，各部院的尚书是从一品衔，而各大总督则是正二品衔，所以从官员品级上来看，是尚书稍高于总督。
但是从实际上来看，尚书虽有较高的品级，却没有相对应的权利。以六部之首兵部来说，兵部尚书号称大司马，相当于现在的军委副主席兼任国防部副部长。可是在兵部尚书以上有军机处，还有皇帝的阿哥分管。所以兵部尚书大司马就只能相当于军委委员级别。
而总督大人虽然是正二品衔，但是总督拥有节制数省的军事和行政大权，是真正的封疆大吏，地方诸侯。为了加强对地方的统治，清代的总督一般会加兵部尚书衔或者东宫三师衔，成为从一品。
而像直隶总督和两江总督在清末期地位逐渐加强，他们也多被加大学士衔，成为正一品，更非尚书可比。
就像李鸿章的官衔包括文华殿大学士，东宫三师和直隶总督。虽然李鸿章的官衔是由大学士赋予的，但我们都知道，真正赋予他权力的是总督衔，地方实力派，而不是皇帝身边的一个虚衔。