众所周知，西游记中孙悟空之所以能够拥有上天入地的本领，主要就是因为他的师父菩提祖师。我们知道孙悟空大闹天宫，靠得就是菩提祖师传授的七十二变和筋斗云，而这两项技能在神鬼莫测的菩提祖师眼中根本就不值一提。
然而，菩提祖师为何在最后神秘消失了呢?有人说菩提祖师赶走孙悟空是因为惧怕西天如来，其实不是这样的，西游中菩提祖师真正忌惮的人物只有一个，那么这个人物是谁呢?首先我们要从孙悟空拜师学艺开始谈起。
当然，菩提祖师并没有在孙悟空刚入山门的时候，就教授给他这些特殊的技能，而是像自己的其他弟子一样，让他挑水、砍柴、打坐以及念经，借以磨炼孙悟空的野性和耐心。在灵台方寸山的日子虽然有些无聊，但日复一日，年复一年，时间过得也是稍纵即逝，眨眼之间就度过了六七个年头。
最后，孙悟空用自己的诚心打动了菩提祖师，但菩提祖师为了考验一下孙悟空是否是可塑之才，依旧提出了要教授他求仙占卜、参禅打坐的技能来迷惑猴哥，好在猴哥是一个天生地长灵猴，参悟了菩提祖师打出的盘中之谜。
在夜深人静的三更时刻，偷偷溜进了菩提祖师的禅房，菩提祖师亦是满心欢喜对孙悟空说道：“你今有缘，我亦喜悦”，随后便传给了孙悟空地煞七十二变与筋斗云两项神技，孙悟空得到菩提真传之后，日夜勤加练习终有所成。
可是，与其他修道之人的含蓄、内敛不同，一技在手的孙悟空却显得十分高调，在师兄弟之间肆意卖弄。不曾想却惹怒了菩提祖师，菩提祖师一怒之下怒斥猴哥道：“你这泼猴，这个功夫，怎可在人前卖弄，别人见你有，必然求教与你，你若不予，他们必怀加害之心，你就会有性命之忧!”
菩提祖师真不愧为一个绝世高人，仅仅是通过一个简单的表象，就可以分析出事情的本质和未来的发展走向，用现在的话说就是“未卜先知”的神技能。之后，菩提祖师便决定将孙悟空赶出灵台方寸山。
菩提祖师言道：“你这一去，定生不良。任凭你如何惹祸行凶，却不许说是我的徒弟，如若说出半个字来，我就知之，把你这猢狲剥皮挫骨，将神魂贬在九幽之处，叫你万劫不得翻身!”
寥寥数语即是对孙悟空的一种恫吓，同时也是对孙悟空的一种警告，将自己和孙悟空彻底划清界限，因为菩提祖师十分清楚“江山易改，禀性难移”的道理，虽然孙悟空在灵台方寸山待了一段时间，可是那种天生的魔性绝非一朝一夕所能更改的。
后来，孙悟空离开灵台方寸山之后的表现也确实印证了菩提祖师的预言，回到花果山之后，孙悟空先是硬闯龙宫，夺去了东海龙王的“如意金箍棒”，随机又搅乱幽冥界，一笔勾销了所有猴类的生死簿，最后又偷吃蟠桃、大闹天宫惹怒了玉皇大帝。
有“未卜先知”之能的菩提祖师十分清楚，自己仅仅是教授了孙悟空一些法术，并没有对孙悟空日后的行为进行过多的干涉和矫正，一旦日后孙悟空惹出祸端，得罪了天界的玉皇大帝，那么作为株连，菩提祖师自然难逃干系。所以，菩提祖师才选择了神秘出现，神秘消失。
也就是说，菩提祖师之所以会神秘的消失，并非像很多人解说的那样是因为惧怕如来佛祖，让菩提祖师真正忌惮的人物只有一个，就是东方道教的扛把子玉皇大帝，玉皇大帝作为三界之主，想要荡平一个小小的灵台方寸山简直易如反掌。