司马遹是晋惠帝司马衷的长子，生母为才人谢玖，因为皇后贾南风没有儿子，所以在太熙元年(290年)被立为太子。司马遹自幼聪慧过人，有高祖父司马懿之风，因而极受祖父晋武帝的喜爱，而朝臣们对他也是寄予厚望。然而司马遹长大后却变得刚戾阴狠，而且还沉迷于游乐之中，经常在宫中摆摊切肉卖酒，并在西园销售杂货，因此形象大损。
晋惠帝在位之初，贾南风掌权，因为司马遹不是她的亲生子，所以难免会对他有所警惕、防范。在这种情况下，跟太子矛盾极深的佞臣贾谧(贾后的外甥兼养侄)便大进谗言，声称司马遹性情刚戾，一旦登基为帝，恐将对贾后不利。贾后为此忧惧不已，便与贾谧一起谋划铲除司马遹。
元康九年(299年)十二月，贾后诈称皇帝身体不适，派人将司马遹诓进宫中“侍疾”，等太子到达后，却又不肯跟他见面。稍后，贾后“赐”给司马遹一盘醉枣，并命婢女陈舞逼着他吃完。等到司马遹醉的不省人事之际，贾后便让黄门侍郎潘安模仿太子的口吻写一篇祷文，内容是威胁皇帝、皇后退位，由自己登基称帝。
贾南风敌视司马遹，不遗余力地陷害他
草稿写就后，贾后命陈舞递给司马遹纸笔，强迫他照抄一遍。司马遹大脑昏沉，哪里还能看懂草稿的内容，便在陈舞的扶持下，勉强抄完一遍，其中笔画不全的部分，潘安又奉贾后之命补全。至此，一篇“大逆不道”的文章出炉，并成为贾后扳倒司马遹最有力的“罪证”(详情见《晋书·卷五十三》)。
贾后拿到司马遹写就的祷文后，立刻将其呈递给晋惠帝，并强烈要求废黜太子。晋惠帝是个极度白痴且窝囊的皇帝，对贾后一向俯首听命，所以在拿到祷文后，便即刻将宰相张华、裴頠等一干重臣召来，声明要赐死“悖逆无道”的司马遹。张华、裴頠坚决不信，声称这封祷文绝非是太子所写，让贾南风甚是尴尬。
晋惠帝废黜司马遹，并将他囚禁
为了避免局势逆转，贾后便争得惠帝同意，废黜太子为庶人，将其软禁在金墉城，次年正月，又将其迁往许昌囚禁。按照贾后的本意，她是想把司马遹先软禁一段时间，等到大臣们的反对意见不再强烈的时候，再找机会杀死他。然而就在此时，一位佞臣的出现，却打乱贾后的计划。
原来，此时晋惠帝的叔祖父赵王司马伦(司马懿的幼子)早蓄不臣之心，为了篡夺皇位，很自然地便将司马遹、贾南风都视为“绊脚石”。如今，司马伦看到贾南风对司马遹“动手”，便打算祭出“一石二鸟”之计，将二人全部铲除。为此，司马伦便在贾后面前制造恐怖气息，声称宫中有人想要废黜她，并迎立太子为帝。
司马遹被贾南风派人杀害
贾后也是个没脑子的憨货，听闻司马伦这样讲便吓得不轻，穷极无奈之下，竟然让黄门孙虑带着毒药去害死司马遹。孙虑到达囚所便逼着司马遹服药，但后者死活不肯就范，孙虑为了完成任务，便命侍卫死死地摁住废太子，然后用药杵把他活活打死，时在元康十年(300年)三月。司马遹遇害时，年仅23岁。
司马遹遇害后，贾南风顿时成为“众矢之的”，令天下人愤恨不已。司马伦见时机已到，便联合异母兄司马彤(梁王，司马懿第八子)、侄孙司马冏(齐王)发动政变，废黜并毒杀贾后，然后挟惠帝以号令天下。此时，距离司马遹遇害才过去1个月时间。次年(300年)初，司马伦在经过一番大清洗后，逼迫晋惠帝退位，自立为皇帝。
司马伦篡夺帝位，但在位4个月兵败被杀
司马伦篡位后沉溺于酒色犬马之中，并大肆封官授爵，把天下搞得一团糟，令举国为之愤慨。在这种情况下，齐王司马冏、河间王司马颙、成都王司马颖便利用天下怨恨失望之心，纷纷举兵讨伐司马伦，后者连战连败，在称帝4个月后被迫将皇位还给晋惠帝，但终究还是没能逃脱被杀的结局。
司马伦虽然死有余辜，但由他打开的“潘多拉魔盒”却再也无法关闭，之后十余年间，诸王为争夺权位，互相间展开殊死混战，导致天下大乱、流民遍野。此时，边疆内外的“五胡”纷纷起兵作乱，到处割据称雄，并对长江以北的汉族展开惨绝人寰的屠杀。在此期间，生活在北方的汉人，因战乱、屠城、饥荒、瘟疫而丧命者难以计数，差一点儿绝种。
虽然历史不能假设，但人们还是愿意相信，如果司马遹没有遭到贾后的陷害，顺利地当上皇帝的话，就算不能中兴晋朝，但至少也能保障天下不出大乱子，而“五胡乱华”、汉人遭遇大屠杀的现象，便不会出现。“一人兴邦，一人丧邦”，历史往往就是这样，令人无比唏嘘。