万历十一年(1583)，刚刚才满二十一岁的万历朱翊钧放下手头事务，专门来到大明王朝皇帝陵寝集合地天寿山。
此行目的除了对朱棣以后的皇帝列祖进行祭祀外，另外最重要的一件事竟然是给他这位年轻人寻找陵寝藏地。此前，按照万历的意图部署，内阁首辅张四维预先派出礼部、工部大臣和钦天监和风水先生到天寿山附近进行选址勘测。
几天后，礼部官员将勘测结果向神宗汇报，并大体选择三处供皇帝选择。
在天寿山，神宗陪同两宫皇太后一同前往天寿山向大明几位皇帝陵寝进行参谒，随即在官员的簇拥下来到了三处候选地。到底选择哪处，这位年轻皇帝也茫然无措，但是这种提前选择身后藏地的大事又不能草率定夺。于是神宗命令通政司官员梁子琦继续对地形进行考察。梁子琦先后多次前往天寿山，第一次会同南京刑部尚书陈道基前往，二人却因选址发生争执;第二次与钦天监官员及风水先生同往，结果又是木匠多了不好盖房，又发生了争执不下。第三次是礼部尚书前往查看依旧没能统一意见。
通政司的参议梁子琦干脆上疏弹劾礼部尚书，因此事又牵连到首辅申时行，可见大明在万历时期已经到了凡事都要争论一番的地步。申时行上疏指责梁子琦三次选择陵寝地都与人发生争执，此次又借口徐学谟与自己有姻亲关系，诬告“附势植党”。神宗着急的是迟迟选择不定的陵寝而焦急万分，不想此事继续纠缠不清，便批示“梁子琦挟私渎奏，著罚俸三个月”将此事淡化下去，以加快陵寝的选址。此后在神宗的亲自推动下继续要求各部联合行动，最终选择出形龙山、大峪山、石门沟三处为最佳地带。
万历十一年的九月百草丰茂，天高云淡，神宗率领后妃一行前往天寿山，在考差了形龙山、大峪山后，神宗亲自拍板将陵寝位置定在大峪山，至此经过大半年的吵闹争执，终于将朱翊钧心头的石头落地。
这个年轻的皇帝对陵寝工程表现出极大兴趣，在决定了一个庞大的建设施工计划后，将朝廷一等大员全部纳入建设小组名单。由首辅申时行为知建造事，兵部尚书、工部尚书、工部侍郎、礼部尚书为总拟规划。此外除了这套高配施工领导机构外，神宗还组建了由司礼监太监张宏为总督，带领大内十余名太监组成内宫班子进行施工监督，终于在万历十三年(1585)的八月一日正式破土动工，营建寿宫，动工启动仪式由首辅申时行主持，此时营建陵寝成了大明帝国的最大事件，成了年轻皇帝的一件颇为兴奋的大事。
然而不久，太仆寺少卿李植联合光禄寺少卿、尚宝司少卿三人上疏给神宗说大峪山绝对不是个好地方，理由是在动工后，钦天监在宝城西北角的地下发现大量石块，李植认为“寿宫有石数十丈如屏风，其下皆石，恐宝座将置于石上。”《明史李植传》
神宗朱翊钧听了汇报高度重视，于是决定亲自再去看一次，在祭拜了长陵、永陵、昭陵之后，于是进一步查看了大峪山附近的一带地貌，并未发觉李植所说的情况。于是神宗吩咐司礼监招来内阁四位首辅，强调说:“寿宫吉壤，断自圣裁。”并把李植等人认为大峪山并非吉壤的奏疏交给申时行。申时行结果奏疏看到文中有“青白顽石”的词句后便说:“李植等说青石顽石，大不是。太凡石也，麻顽或带黄黑者，方谓之顽。若色青白滋润，便有生气，不得谓之顽矣。”君臣研究之后对上疏的三位少卿进行处理，最终将李植降级外放处理。申时行磕头对神宗表示“圣裁允当”。
至此万历皇陵的建设进程得以全力推进，从万历十三年八月到五年后，这个陵寝建设工程共耗资八百万两银子。
在陵寝建设过程中，朱翊钧多次进行实地踏查，由于参观陵寝建设觉得非常满意后，对各级官员给了许多嘉奖，首辅申时行加禄米五十石，赏银五十两，其他官员都给予了官阶提升和银钱奖励，一时之间，年轻皇帝身后藏地影响了大量官员的宦海浮沉。
万历四十六年以后，这个长期不朝，身体虚胖的万历皇帝逐渐走向了生命的尽头。虽然长期不朝，但是辽东战事已经呈现出太多的危局，加之在病症的伴随下，他的健康日益恶化。这年的夏天，他对身旁人说：“朕入伏以来，著湿熏蒸，不时腹泻，头目晕眩，身体发软，见今服药未愈，临御不便。”此时他的内阁人员只剩下方从哲一人，堪称真正的孤家寡人。两年后，万历的身体并且再度加重，甚至连走路都走不了的地步。
一生长期不朝的他，竟然在病危期间，希望早点痊愈能够处理朝政。然而历史并未给他这个机会。不几天，万历向天下发布谕旨：“朕嗣祖宗大统，历今四十八年，久困国事焦虑，以至脾疾，遽不能起，有负先皇托付。”最后希望他的太子能够在众大臣的辅佐下，继续改变陋习，使得“功在社稷，万世不泯。”发出这道谕旨的当天，万历在弘德殿去世，享年五十八岁。临死前，他在遗诏中感慨道：“我以很小年纪继承大统，君临海内，四十八载于兹，享国最久，夫复何憾。”
不久他的遗体就下葬到早年亲自多次寻找的定陵。历史到了1955年，以郭沫若为首的挖掘小组对万历定陵进行挖掘，历时两年零两个月。甚至由于某种原因，万历的棺椁被扔进山涧，几年后连同万历的尸骨也未能幸免，从某种意义来讲，万历亲自多次考察的陵寝选址不得不说是一个巨大的失败。