秦始皇与阿房女的事情发生在秦军大战岭南百越部落的时候。当时秦军为了攻打岭南的百越，需要从北方运送粮食到南方，但天气又极为炎热，因此秦始皇便下令凿渠以汇通湘江与漓江，这样就能够使粮食的运输更便捷。然而就算解决了粮食问题，秦军与百越军的对峙也不是一时半会能够解决的，他们就这样一直对峙着过了整整三年多的时间。
随着时间的慢慢的消耗，北方的秦国士兵中发生了瘟疫，阵脚大乱。这个时候百越的军队却矛盾了，如果他们能够抓住这次秦军士气大乱攻打他们，那或许会有战胜秦军的机会。然而如果攻打秦军，又可能让自己的军队也染上瘟疫。因此是打也不是不打也不是。
就在百越军纠结的时候，他们的首领想出了一个对策，就是让一名当地的采药女子混入秦军当中刺探敌情，顺便治好控制瘟疫，等病情稳定了，秦军处于恢复期间的时候再一举进攻。这名采药女子就是阿房女，她装着一大堆草药运往秦军，帮助秦军解除了瘟疫。嬴政也大喜，想要当面感谢阿房女。谁想到嬴政一见到阿房女的时候就立马被惊呆了。这个女子与自己小时候相识的一个小女孩是如此相像!
秦始皇回忆起来，当时自己在赵国邯郸做质子，期间总被欺负打得遍体鳞伤，而正是阿房女为他疗伤，而两人也因此互生情愫。只是后来嬴政返回秦国，两人便再也没有了见面的机会。而如今两人竟然如此有缘再度重逢。
后来经过阿房女的游说，百越之地与秦国达成了和平谅解，嬴政让赵佗当了南越的第一任王，而岭南地区也正式列入了中国统一的版图。与此同时，嬴政对阿房女表露心意，许诺等自己当上皇帝，一定给阿房女名分。只可惜最后事与愿违。
虽然阿房女为秦国与百越的和平作出了巨大的贡献，但是当时秦朝的大权却掌握在吕不韦手中，即使当时年轻的嬴政已经升级为秦王，却空无实权。因此想要给阿房女的愿望也无法实现。直至秦始皇最终统一六国之后，握有大权，阿房女却已去世。所以嬴政为了纪念自己心爱的女子，不惜花费大量人力物力财力，建立阿房宫。或许我们可以认为，历史上没有嬴政的花边新闻，是因为他钟情于阿房女而无法倾心于别人。