围绕着雍正的谜团很多，从他登基到死亡无不充满了重重的疑点，其中他的死亡之谜是最为人们津津乐道的。根据史书记载，那日雍正在圆明园行宫忽然病重，服侍雍正的近臣张廷玉在自己的日记里写道：雍正突然七窍流血，虽然他们很快就叫来了御医，但雍正还是断气了。有人觉得雍正可能是因为中风而死的，可此前从未听说过雍正有什么中风的症状。
还有一种说法是雍正死于吕家后人之手，雍正为了杀鸡儆猴，将反清的代表人士吕留良杀了还不够，将他的一系族人和弟子都尽数除去。吕家有一女叫吕四娘，为了替亲人们报仇，化作宫女潜入宫中，在雍正熟睡时，偷偷地斩下了他的头。以至于皇室安葬雍正时，为了避免大家看出来，皇室特意给雍正铸造了一个纯金打造的假头颅。
不过这种说法显然是缺少事实依据的，近年来史学工作者们针对此事进行了专门的考察和调研，一个叫杨启樵的人在《雍正帝及其密折制度研究》中阐明，雍正应是死于长久服用丹药，这个说法可不可信呢?根据乾隆下的一道圣旨，我们或许能找到答案。
乾隆在登基后，下了这样一道圣旨：道士们宣扬炼出的丹药可以使人长生不老、永葆青春，先帝(雍正)听闻此事，出于好奇探讨之意，将他们养于宫中，然而却从未服用过所谓丹药。现在先帝已去，他们在宫中也无用处，还易多生事端，还是将他们赶出宫去吧。
乾隆刚登基时百废待兴，按理说他首先应该先解决的问题是军事或者朝政上的事才对，他为什么会无缘无故去驱逐一帮道士呢?这让我们不得不做出一个大胆的猜测，或许雍正并不像乾隆帝讲的那样对道士毫不信任，恰恰相反，雍正日益衰老后便格外追求能够延长他寿命的东西。其实不光是雍正，当年的秦始皇也相信世界上有蓬莱仙岛，还命人去蓬莱为自己求长生不老之药呢。
这些道士们提供的丹药其实重金属含量特别高，短时间吃了是能够精神不少，但是对身体的损伤也是很大的，底下的官员们碍于皇帝的威严没有一个人敢说真话，敢去劝谏皇帝，雍正日复一日地服用，久而久之重金属中毒，突然暴毙也就不是奇怪的事了。
而乾隆这一道看似与雍正死因无关的圣旨实际上正是掩盖雍正皇帝真正的死因，毕竟一个迷信丹药的皇帝流传出去会给皇室抹黑，所以乾隆只能帮助先帝掩盖真正死因了。