公元626年，外部势力已经不足以威胁唐朝，内部开始斗争了。一天夜里，李建成宴请李世民，用经过鸩羽浸泡过后的酒来招待李世民，李世民当场吐血，被淮安王李神通搀扶回西宫，此时李世民大难不死，但是李建成和李元吉以及后宫的嫔妃加紧在李渊面前诬告李世民。
李世民谋士房玄龄和杜如晦一起劝谏李世民诛杀太子李建成和李元吉，但是李世民拒绝了。
随后李建成与李元吉用重金贿赂秦王府将领尉迟敬德，企图拉拢他，但是尉迟敬德拒绝，并将太子交给的书信请李世民过目，表示忠心，但是尉迟敬德这种不配合的态度，让李建成等人加紧对尉迟敬德的迫害，先是李元吉派杀手刺杀尉迟敬德，但是没有得逞，之后李建成在李渊面前诬告尉迟恭，尉迟恭被下狱审查，准备杀掉，但是由于李世民的力保，这才保住尉迟恭。
之后，李建成诬告秦王府左一马军总管程知节，李渊将其外放为康州刺史，但是程知节以死抗拒李渊的调配，并劝谏李世民早日下决心诛杀李建成与李元吉。其实程知节能够抗拒皇帝李渊的命令，就可以看出，李渊这个皇帝在李建成与李世民两派争斗时已形同虚设。
李建成再次故伎重施，以重金贿赂右二护军段志玄，段志玄拒绝贿赂。此时李元吉才开始认识到，贿赂这些武将不可行，就拉拢秦王府中有智谋才略的人，就算拉拢不了，也让他们不为李世民所用。结果秦王府中房玄龄和杜如晦被李建成诬告，被李渊流放。此时的秦王府中，就剩下长孙无忌、高士廉、侯君集和尉迟敬德等人，在面对太子攻势，退无可退的李世民仍然在犹豫。
导火索：突厥郁射设带领数万骑兵，进入边塞，包围乌城
此时李建成请求李渊让齐王李元吉出征，并要求让尉迟敬德、程知节、段志玄和右三统军秦叔宝等秦王府将领跟随出征，并挑选秦王府勇猛的士兵充实李元吉出征大军，这样一来，李世民面对自己的精兵强将被太子调走，自己的就处于一个极为危险的地步。
恰巧这时候，率更丞王晊这时来到秦王府密告李世民，言明：李建成与李元吉已经拥有秦王数万人马，在昆明池为大军践行的时候，将秦王杀死在帐幕之内，并将尉迟敬德、段志玄、程知节、秦叔宝等将领活埋。
面对太子先动杀机之时，在长孙无忌和尉迟敬德的劝谏下，李世民终于下定决心动手。李世民率长孙无忌等人上朝，将兵力埋伏于玄武门，李元吉似乎感觉到什么，劝谏李建成应当统领好东宫与齐王府内的军队，托病拒不上朝，但是李建成自恃兵力已然强盛，无需害怕，应当上朝把握，亲自判断形势。
结果，李建成与李元吉走到临湖殿时，感觉杀机四伏，急忙准备各自返回东宫和齐王府，此时李世民在后面走来，招呼他们，李元吉二话不说，回头就是三箭，但是都因为弓弦未拉满，没有射死李世民，李世民回过头一箭就将李建成杀死。尉迟敬德带领骑兵将李元吉射下马来，但是李元吉逃入树林，李世民骑马前去追赶，但是被树枝刮下来了，李元吉夺过弓箭准备绞死李世民，被赶到的尉迟敬德呵止，李元吉奔忙前去武德殿求助李渊，半道上被尉迟敬德射死，不得不说李元吉的生命力还是顽强。
三箭射不死李世民存疑
李元吉为什么三箭都射不死李世民?浮人的猜想就是《资治通鉴》为了凸显李世民的英勇神武而杜撰了这一情节，可以说大部分正史在记录君王的时候，都可以描写一些带有神话色彩的情节，比如刘邦的母亲就在梦中与神灵交合才生下刘邦、赵匡胤出生的时候满屋红光异香扑鼻等记载，这些都是统治者为了表明自己是天神派下来做皇帝的，粉饰自己统治地位的神圣性。
而为什么说李元吉三箭都是因为没有拉满弓箭导致没有杀死李世民，这种情况是不可能的。这李元吉生性残暴，从小就爱玩战争游戏，经常命家奴门客演练战阵，自己则披挂上阵，多次负伤后仍然不停止这种游戏，在这种环境下成长，其武艺必然不低。而在唐朝统一各部的战争中，李元吉追随自己哥哥李世民四处征战，屡立战功，作为一位四处征战的军事主帅，拉弓拉不满，这有点说不过去。
而且《资治通鉴》里面记载，李元吉被士兵射下马时，负伤逃入树林，李世民在被挂下马来的时候，负伤的李元吉还抢过李世民弓箭，准备绞死李世民，此时的李元吉还是处于上风，论武艺李元吉是不输于李世民的。所以，三箭射不死李世民，李世民一箭就射死李建成，这有点为李世民吹嘘了。毕竟历史对这些君主的记载一贯带有神话色彩和夸大成分。
此事记载于《资治通鉴》，但是其中的夸大成分一眼就可以看出，精通武艺的李元吉三箭射不死李世民，这就是所谓的主角光环了。这样记载历史无非就是贬低李建成与李元吉，突出李世民的神勇，而玄武门之变被后世史家认为是李世民正义的胜利，仿佛只有李世民胜利才能更好地管理大唐江山。但是其残忍性不可抹去，李建成五子和李元吉五子都在玄武门之变被李世民诛杀，这兄弟二人完全绝后，所以，玄武门之变，杀害兄弟，强纳李元吉之妻为妃，逼宫父亲李渊，都是李世民的污点 。