吴良辅为人精明，很有眼色，顺治皇帝一个眼神或细小动作，他就知道什么意思，加上他对顺治忠心耿耿，因此深得皇帝宠信。顺治亲政后逐步从辅政大臣手中收回权力，仿照明制设立十三衙门，他虽然承诺：“衙门虽设，悉属满洲近臣掌管，事权不在寺人。”(见《清世祖实录》卷七十七)但实际执行时，他却用吴良辅等太监控制内务府，剥夺了一直由两黄旗大臣兼管内廷、后宫事务大权。顺治帝这么做，就是因为索尼、鳌拜、遏必隆等辅政大臣唯孝庄太后马首是瞻，并不完全听命于皇帝，对他自由、独立行使皇权是一种阻碍。
孝庄太后和顺治帝母子之间的权力斗争随处可见，连后妃都牵扯其中：孝庄坚持满蒙联姻，既使蒙古族的博尔济吉特皇后不生育，她也不允许顺治废后。顺治帝则对着干，先宠爱镶黄旗佟妃，后专宠正白旗董鄂妃一人，对皇后则干脆无视。董鄂妃生下四阿哥后，顺治帝立即宣称：“朕第一子生”，派重臣告祭天坛、地坛、太庙、社稷，摆明了要立四阿哥为太子的立场。
蒙古族皇后不生育，孝庄太后急也没用。为了对抗宠冠后宫的董鄂妃，孝庄太后采取“曲线救国”策略，扶持佟妃母子，顺治帝因此越来越讨厌佟妃母子。但是佟妃有孝庄太后撑腰，顺治对皇后和佟妃也是无可奈何。由此可见，所谓吴良辅与佟妃“对食”、猥琐佟妃、终因此事被杀，不过是虚构的故事。在孝庄太后眼皮底下，吴良辅和佟妃怎敢秽乱宫禁?退一万步讲，既使孝庄太后不理，顺治帝再怎么宠信吴良辅，又岂能接受太监给他戴的绿帽?
1655年顺治帝下旨：太监不得擅自出宫，不得干政，不得结交外官，并制成铁牌立于后宫，成为不可违背的祖训。但吴良辅却能代替索尼掌管内务府干预朝政，1658年他与大学士陈之璘等大臣结交之事曝光，一桩桩、一件件都是死罪。既使吴良辅因顺治包庇免受惩罚，难道他就不担心万一哪天皇帝变卦或者孝庄太后治他死罪?由此可见，一贯精明的吴良辅敢于屡犯祖制，离不开皇帝的支持，有皇帝撑腰，他当然是有恃无恐了。顺治帝一死吴良辅即被处决，可见他是太后与皇帝争权的牺牲品，孝庄的棋子是以辅政大臣为核心的文武百官，顺治的棋子则是以吴良辅为首的太监团伙!
1661年顺治去世前，他怕吴良辅被朝廷处决，让他到悯忠寺出家，但是吴良辅仍未逃过这一劫。顺治死后第3天，朝廷就公布了他四大罪状：干预朝政、结党营私、勾结外官、祸乱朝纲，说他“阴险狡诈，巧售其奸，荧惑欺蒙。变易祖宗旧制，倡立十三衙门名色。广招党类，恣意妄行，钱粮借端滥费，以遂侵牟。权势震于中外，以窃威福。恣肆贪婪，相济为恶。假窃威权，要挟专擅，内外各衙门事务，任意把持。广兴营造，糜冒钱粮，以致民力告匮，兵饷不敷。”(见《清圣祖实录》卷一)
顺治死后第12天，索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四位辅政大臣就以皇帝名义发出第一道诛杀令，处决了他们的头号政敌吴良辅，撤销了十三衙门、内阁及翰林院，把顺治帝、吴良辅拿走的权力又夺了回来。
佟妃因儿子玄烨继位，与顺治皇后一道被尊为太后，但因长期体弱多病，23岁即病亡，根本不是坊间谣传的与吴良辅有私情而被康熙秘密弄死。大家别被清宫戏毒害了，这类电视剧除了所处朝代和皇帝名号是真的，其他统统都是假的。