“妖僧”案
清顺治元年十二月，朱由崧得报，有一个自称定王的和尚，要求官府前去迎接。朱由崧立即派人去捉。捉来后，这个和尚说自已是定王 (太子朱慈烺的胞弟) ，逃难中出家为僧，法名为大悲。他觉得潞王 (朱由崧的堂叔) 贤明，应当做皇帝。他来求见官府的目的，就是要求朱由崧下台让贤。
清兵入关后，太子弟兄的下落不明。这对刚刚称帝的朱由崧来说，是一种潜在的威胁。早在同年七月，当民间盛传太子南来之际，他就对太子弟兄颁赐谥号，制造他们已经死亡的舆论。所以，刚获知民间来了亲王，不加调查就下令逮捕。当和尚说出自己是定王，且要求皇帝让位之后，事态变得更加严重，于是，朱由崧传旨，把和尚送交刑部，严加拷讯。
刑部在审讯过程中，和尚大悲的真实身份还没有弄清，奸党阮大铖 (兵部侍郎) 、张孙振 (御史) 等就企图把正直大臣史可法等人牵连进去，一网打尽。他们编造“十八罗汉”、“七十二菩萨”等名单，准备塞入大悲袖中，把史可法等罗织成“妖僧”一党。后因马士英不愿牵涉过广，此一诬陷阴谋才没得逞。
经过多次刑讯，官方宣布，和尚大悲乃是原齐王后裔，冒充定王，决定处以极刑。
历史资料对此说法不一，难以辨别。有的历史资料上说，当时大悲已经是成年人了。但据《明史·诸王传五》有关资料推算，定王本年还是个13岁的少年儿童，所以可肯定和尚确是冒充定王。
“伪太子”案
鸿胪寺少卿高梦箕的家仆穆虎，从北方南下投奔主人。途中遇到一个少年相约同行。当晚脱衣就寝，此人露出了绣龙内衣。穆虎非常惊诧，追问究竟，少年说自己是个逃难王子。过不几天，彼此相处渐熟，他又说自己是太子，并对高梦箕谈到农民军入京后的情况，还讲述了不少宫廷旧事。
高梦箕原想把这件事上奏朝廷，但考虑到作为帝位合法继承人的太子入朝，吉凶难料，所以把他送到杭州，和侄儿高成同住。
在杭州，此人自命不凡，喝多了酒就狂言呼叫。高成惧怕出事，写信密报叔父。高梦箕同样怕惹祸，最后只得如实上奏。朱由崧得报后，立即派内监冯进朝赶到浙江，将“太子”押回。
对“太子”先后进行了四次讯问。据载，初审那天，在如临大敌的森严气氛中，太子对许多问题、甚至连外公周奎的名姓都说不出来。奉旨当堂辨认的朝臣们瞠目结舌，无人敢于表态。只有东阁大学士王铎说了声“假”。而当都御史李沾带领随从走上殿时，“太子”突然跪到地上，自认是驸马都尉王昺的侄孙王之明，冒充太子乃穆虎教唆。
这次审讯，马士英打算把另一正直大臣姜曰广牵连进去，阮大铖等则想诬陷郑芝龙和左良玉。还是大理寺卿葛寅亮说，朝廷兵力既敌不过郑芝龙，更远非左良玉的对手，攀扯上他们也无法对付，马、阮也因此泄了劲。由于朱由崧一伙失尽民心，驻外武将和全国军民对太子存有幻想，因而一致相信“太子”是真。驻防庐州的靖南伯黄得功、驻守武昌的左良玉、坐镇九江总督军务的袁继咸、总督湖广四省军务的何腾蛟先后上疏，主张“多召东宫旧臣辨认”，反对“辗转诛求”。这使朱由崧等不敢贸然处置本案，“太子”因而一直被囚禁在狱中。
不久，左良玉起兵讨伐企图“谋害太子”的奸党。大军从汉口攻向南京。马士英慌忙把抗清前线的兵力后撤布防。此时，清军抓住这一有利战机，由河南归德分兵东进，乘虚直入。五月初就逼近南京了。
朱由崧乘夜弃城出奔，南京城中一片混乱。以监生赵某为首的民众破狱迎出“太子”，让他做了皇帝。三天后清军入城，他成为俘虏，日后遇害于北京。
至于“太子”是真是假，已无法考证，留给后人的永远是一个谜!
“妖妇”案
弘光元年三月，河南巡抚越其杰派人把朱由崧失散两年多的“妃子”童氏送到了南京。没想到，皇帝并不高兴，相反，竟说童氏是假冒王妃的“妖妇”，把她押进了锦衣卫的大牢。
经过严刑逼供，童氏被迫自称是周王府宫人，因听说周王登基，特来投奔。总之，她认错了人!但事后，她满腹冤屈，给朱由崧写了信，并把当年和当今皇上遇合的经过，告诉了冯可宗。
原来，崇祯十四年 (1641) 春天，李自成大军攻克洛阳，杀死了祸国殃民的福王。王妃邹氏和世子朱由崧狼狈出走。在尉氏县留宿时，遇到了童氏。朱由崧垂涎童氏的姿色，对她甘言引诱，并发生了关系。后来在继续南逃中途，三人乱中失散，各奔一方。童氏颠沛流离，一年后生下个孩子，没成活。从此流落河南。朱由崧当上皇帝，寻访到母亲下落，把邹妃接到南京享福。消息外传后，触动童氏心事，希望朱由崧能念旧情，接她入宫。河南巡按御史陈潜夫知道这件旧事，曾把童氏的下落上奏朝廷，但朱由崧没有理睬。河南巡抚越其杰与镇守归德的广昌伯刘良佐，对童氏和当今皇上的关系也深信不疑，于是，把她送到南京和朱由崧团圆。
童氏在自述中，对两年前和朱由崧共同生活的情况，包括朱由崧最初勾引她所讲的话，都谈得很清楚。刘良佐也给朝廷送来声言“童氏非假冒”的奏疏。连马士英都认为妃子不假，主张迎她进宫。
朱由崧对童氏上书不加理睬，仍然说她是“妖妇”，改命太监屈尚忠对之严加拷讯，童氏冤死狱中。
仅仅维持一年的弘光朝廷就出现了三起假冒案件，这在一定程度上说明了新成立的南明朝廷其实并不是一个强有力的统治核心，皇位的合法性危机让朝廷内部人心浮动，三大案的出现是“立福”、“立潞”的变形，弘光政权的确立看似是明王朝的继续，其实不过是一个纸老虎而已。