不过，这件案子在惩贪方面并没有多少成效，至多是君主猜疑个性的又一次滥用罢了。
当时有一个叫郑士利的生员，他说朱元璋欲严惩空印者，是因为“恐奸吏得挟空印纸，为文移以虐民”(《明史·郑士利传》)。其实这里说得是客气了点。
很多史料记载，朱元璋发现了盖印空白文册的事时，反应是“盛怒”，为什么呢?因为他“以为欺罔”。“欺罔”这两个字，不仅仅可以解释为空印者持空印文书欺罔百姓之意，更可以解释为空印者轻视皇权，也就是朱元璋的权威，私下偷懒，擅自盖印。
后一解释可能更贴近朱元璋的心理，因为关于空印案的不合理、不合法和它的坏处，郑士利上书朱元璋，讲得是非常清楚了，而朱元璋的反应仍然是“大怒”，根本不听劝，怀疑郑士利背后另有主谋，反而将郑士利罚去劳改了。
这种对郑士利的猜疑，也正是郑士利以一个普通生员的身份上书皇帝指斥时事而触怒了朱元璋的一种反映。
空印案的原委是这样的。当时规定，各地都需每年派人到户部报告地方财政收支账目，所有账目必须跟户部审核后完全相符，才可结项。只要数字有一丁点儿对不上，整个文册便被驳回，重新填造，而且必须重新盖上原衙门的印章才算有效。
因往来路途遥远，派员都带有事先预备好的盖过印信的空白文册，以备不时之需。这本是上知下晓的一种习惯性做法，也从来没有哪个中央衙门发布命令禁止过。
但是，偏偏皇帝朱元璋不晓得。忽然有一年他发现了这个公开的秘密，大发雷霆，便严惩所有他认为有干系的地方官吏。当时最有名的好官方克勤也被牵连在内而死去。方克勤的儿子就是后来因反对燕王朱棣篡位而被诛十族的“天下读书种子”方孝孺。
吴晗《朱元璋传》说空印案与郭桓案一共杀了七、八万人，《国史概要》也说空印案与郭桓案连坐被杀的人数以万计。这个数字同样可能是从《明史·刑法志》而来。《刑法志》说郭桓案“系死者数万人”，又说“二狱(空印案与郭桓案)所诛杀已过当。
而胡惟庸、蓝玉两狱，株连死者且四万”。所言“过当”，也许即相当甚或超过之意。空印案也如郭桓案等三案，所诛杀也在四万数，故吴晗云两案有七、八万人被杀。然而，这个估计是成问题的。方孝孺《叶郑传》说空印案发生时，“凡主印吏及署字有名者皆逮系御史狱。狱凡数百人。士利兄亦以河南时空印系狱中”。士利兄即士原(《明史.郑士利传》中作“士元”)，曾任河南怀庆府同知，此时官湖广按察司佥事。
士原或即“行省言臣二十余辈”中的一个，幸而不是主印者，得以出狱。郑士利在这些人入狱之初就想上书，后来为避嫌计，所以等到士原受杖出来后才言事，主要就是为留在狱里的那些死囚申辩。《叶郑传》文末说士利失败了，元璋“竟杀空印者”。
贯通全文看，士原任官湖广，以从前的河南任内事牵连入狱，说明他是从湖广逮进来的，而朱元璋是按空印文书上的署名顺藤摸瓜来捕人的。等皇帝完成了大逮捕，也不过数百人。直到全文末尾，也不像在这数百人之后又进行了株连逮捕。而且，这数百人中，还有一些人被充军了。所以，被杀的人也就不会超过数百人。
所谓的数万之数，很可能是猜测类比之词(其他的几个大案确实杀人很多)。退一步说，明初整个官吏阶层的人数不会太多，而跟空白盖印文书有关也只是其中一部分人，朱元璋再狠，也不可能一下子把人都杀光，弄得自己在中央做光杆司令。翦伯赞主编的《中外历史年表》说，洪武九年“空印狱起，官吏下狱者数百人”，这应该是实际情形。