有关瞿佑何时流放塞外的问题，前人对此言之不详。李庆先生据日本内阁文库所藏瞿佑的《乐全稿·乐全诗集》之《至武定桥》一诗中的“自注”：“永乐六年四月，进周府表至京，拘留锦衣卫。自汴梁起取家小十二口至此，蒙拨房屋居住，至今二十一年矣”，从而认定为是明成祖永乐六年(1408)四月，可以信从。
至于瞿佑被贬的缘由，事主讳莫如深，只是说：“向以洪熙乙己冬，蒙太师英国张公奏请，自关外召还，即留乐西府，今又三载，又蒙少师吏部尚书蹇公奏准，恩赐年老还乡。”“自罹罪谪独处困厄中，与妻即睽隔逾十寒暑矣。尚书赵公，指挥高公，太守冯公，长司郑公及诸邻友怜其穷苦独居，皆劝以纳妾。”言辞之间虽充满怨气，但对“罹罪”的真相却又不置一辞。而前人对此说法不一，较有代表性的是如下两种说法。一为郎瑛的《七修类稿》所云：“藩屏有过，先生以辅导失职，坐系锦衣卫。”一为蒋一葵《尧山堂外纪》所云：“以诗祸编管保安。”此外还有其它一些说法，与此大同小异而已。其实，这两种说法是可以统一起来的。
瞿佑之《归田诗话》下卷“和狱中诗”条云：“永乐间，予闭锦衣卫狱，胡子昂亦以诗祸继至，同处囹圄中。子昂每诵东坡《系御史台狱》二诗索予和焉。予在困吝中，辞之不获，勉为用韵作二首。”其中有两句诗说，“一落危途又几春，百状交集未亡身”，反映了瞿佑在狱中的真实心境。这段话中最值得注意的是“胡子昂亦以诗祸继至”一句。瞿佑在此明确无误地点明了自己罹罪的缘由是“诗祸”。倘我们联想到明初统治者大兴“文字狱”的现实政治环境，瞿佑由诗而惹祸的命运，似乎也并不难以理解。问题在于：瞿佑是如何遭致“诗祸”的呢?有人怀疑他有反叛朝廷之意，似乎不确，从上引瞿佑的“自注”来看，他在“诏狱”期间，虽曾失去人身自由，但仍能“自汴梁起取家小十二口至此”，还“蒙拨房屋居住”，其物质待遇还算可以，与反叛朝廷的“政治犯”有显著的判别。他仅仅是因为“辅导失职”而被“坐系锦衣卫”的。而这“辅导失职”，实也和周王朱橚有关。
张益《咏物新题诗序》得知，瞿佑在青年时期(元末明初)，因明经而被荐为训导，曾在仁和、临安、宜阳等地任职。大约在洪武十一年(1378)他三十二岁时，在仁和县结识了周王朱橚以后，两人交往比较密切。如朱橚编有《袖珍方》四卷，专录民间治病药方，而瞿佑也著有《俗事方》一书，专事辑录“民家必备”及“治生”之良方。此书今存，入藏日本东洋文库。据明正德刊本《袖珍方》之朱《序》云：“予当弱冠之年，每念医药可以救夭伤之命，尝令集《保生余录》、《普济》等方。”此“弱冠之年”，恰系他在杭州时和瞿佑相交之期。值得注意的是《千顷堂书目》卷十四著录了李恒的《袖珍方》四卷，其注云：“恒字伯常，合肥人。洪武初，周府良医，奉宪王(引者按：误，应为“定王”)命集。恒，永乐间致仕，王亲赋诗以饯，命长史瞿佑序其事。”可见瞿佑和朱橚之间的关系非同一般。然而，这位周王朱橚不是个安分守己之人。据《明太宗(永乐)实录》记载，他曾因编《元宫词》忤触皇旨，并且因护卫“拘军民商旅之舟装运王府米麦”等事得罪权贵。《明太宗实录》卷七十八“永乐六年四月”条下说：“戊子，钦天监奏木星犯诸王星，上曰：‘前月木星犯诸王星，今复然。’天道不爽。遂悉赐诸王书，俾警省。有告言肃王木英听百户刘成言，辑罪平源卫军者，上曰：‘此下人所为，未必尽出王意。’敕王械成等送京师，因顾侍臣曰：‘王居深宫，岂得悉闻外事!皆由左右小人作威福，于其所好恶者，造饰毁誉于王前。王与之狎昵有素，更不察其是非而一意从之。今过则皆于王矣。故谗佞，德之蠢也，林无虫有木，左右无谗佞有美德，不可不去。”出于家属利益的考虑，永乐皇帝在表面上虽然维护了周王的威信，但他心里一定对朱极其不满：“今过则皆于王矣。”为此，他对当时的皇室以及诸王之侧作了一次严厉的整肃。根据明代的法律，凡诸王有失，其过则在长史。其时，以长史之职伺奉在周王朱橚左右的瞿佑以“辅导失职”之罪，而趁其“进周府表至京”之际，把他“拘留锦衣卫”，也是十分自然的事。