太平天国运动时期到底死了多少人，这个问题在史学界一直众说纷纭、未有确数。比较可以肯定的是，太平天国战争给中国带来的人口损失至少有1亿以上，直接在战争中死亡的人口至少在四千万以上。洪秀全领导的太平天国起义，义军在起义后的6年中，不过牺牲4000余人。然而1856年的内讧开始，死亡人数持续增加。仅从太平军内部而言，洪秀全利用韦昌辉杀害杨秀清及亲信6000余人，又在天京大开杀戒，两个月总共杀了文武官员2万人。后来又利用石达开来天京靖难，凌迟处死韦昌辉，将其尸体寸磔，割成许多块，每块皆二寸，挂在各处醒目的栅栏处，标上 北奸肉，只准看不准取 的字样，真是惨厉之至。 洪杨之变 最终导致了十几万人被杀。
同治三年(1864年)，曾国藩率湘军攻入 天京 后，杀害数十万人。整个天京城所余3万多名太平天国将士，无一投降，全部战死或者自杀。太平天国强盛时，南京最多时有100万人口，到光绪登基时，十几年的时间，南京只剩下不到50万人口。
据《晚清七十年》中记载：苏南地区，往往二三十里，不见居民，有的地方人口仅存五分之一。浙江省，一片劫灰，道殣相望，昔日温饱之家，大半成为饿殍。安徽省，皖南 野无耕种，村无炊烟，市人肉以相食 皖北 但有黄篙白骨，并无居民市镇，竟日不见一人 。江西省，数百里 不闻鸡犬声，惟见饿民僵毙于道 。1883年，一个美国传教士称：太平天国战争造成中国人口的损失为5000万。而当时的美国驻华公使柔克义则估计太平天国战争导致的人口死亡数为2000万。这是当时在中国的外国人所作的估算，没有多少事实依据。
中国当代人口史学者在确凿的史料基础上，对此进行了重新估算，形成了两种意见：第一种意见根据太平天国前后《户部清册》所载的户口数，认为从1851年到1864年中国人口锐减40%，绝对损失数量达1.6亿;第二种意见则将战前的人口数据与1911年宣统人口普查资料进行对比研究，认为太平天国战争仅给江苏、安徽、浙江、江西、湖北五省直接造成的过量死亡人口就至少达到5400万，如果再考虑到其它战场湖南、广西、福建、四川等省的人口损失，那么太平天国战争给中国带来的人口损失至少在1亿以上，直接造成的过量死亡人口达7000万。
太平天国带来了中华民族历史上的一次灾难。仅苏、浙、皖、赣、闽五省，人口过量死亡就多达7000万。中国当时最富庶的地区，经济受到极惨重的打击。太平军所到之处，文化受到无法弥补的破坏。人类历史上伤亡最大的战争是太平天国，其次才是一战、二战。太平天国爆发(1851年)前夕，中国人口为4.3亿。太平天国失败(1863年)后，中国人口只剩下2.3亿。一场农民战争使中国损失了2亿人，这是相当骇人的。