康熙平定 三藩 的时候，我国东北边疆频频传来沙俄军队抢占土地，杀掠人民的警报。
黑龙江流域是我国东北各族人民长期生活的土地。沙俄入侵黑龙江流域，是从十七世纪四十年代开始的。入侵者在我国土地上建筑城堡，残杀百姓，抢劫皮毛粮食。中国军民早就对沙俄的侵略进行了自卫反击。到公元1660年(顺治十七年)的时候，这一带的沙俄侵略者已全部被肃清。
康熙帝初年，由于 三藩 的叛乱，清朝政府没有过多精力兼顾东北的防务，沙俄侵略者又卷土重来，非法修建雅克萨城堡(今黑龙江北岸，呼玛西北，漠河以东地区)，企图长期占据。清朝政府虽然多次向沙俄政府交涉，但都没有效果。
三藩 平定后，康熙帝准备亲自解决沙俄侵略黑龙江的问题。他起驾来到老家盛京巡视。祭拜过祖陵之后，他就接见守边的将领，向他们了解边防的情况。为了弄清楚沙俄侵略者的人员、装备的情况，他派将军朗坦、彭春，以打猎为名，深入雅克萨地区，就近侦察。同时在瑷珲筹集粮草，调派军队，制造攻城器械，作好征讨的军事准备。
一切准备停当后，公元1685年，康熙帝命令彭春等将领率领由满、汉、蒙古、达斡尔等族官兵组成的约三千人的军队，从瑷珲出发，前往雅克萨，收复中国的领土。
清军来到雅克萨城下，先向沙俄督军托尔布津发出通牒，劝他投降，退出中国土地。托尔布津拒绝了中国军队的要求，清军便发起了进攻。
沙俄侵略军盘踞雅克萨多年，所以，城池修得很牢固。但是清军的攻势更猛烈，水陆并进，大炮猛轰，白天黑夜不停止。侵略军死伤惨重，又无外援，托尔布津只得叫部下挂出白旗，向清军求降，保证不再侵略中国土地。
清军接受了侵略者的投降，允许托尔布津领着残兵败将，退回本国土地。但是，清军没有留人驻守雅克萨，而是将城堡破坏销毁，就奏起凯歌，胜利返回瑷珲，向康熙帝报捷。
不讲信义的托尔布津，等清军主力一走，又返回雅克萨，重建城堡，增添兵力。为了死守，他们增高了城墙，挖宽了护城河，蓄备了足够的粮食。
康熙帝听到黑龙江将军萨布素的奏报，非常生气，第二年春天，就命萨布素率领两千多军队再次出征雅克萨。
这次，清军采取长期围困的打法，在城的东、南、北三面挖掘战壕，构筑营垒，又切断雅克萨西面的水道。同时，用更加猛烈的炮火，向城里轰击，托尔布津被大炮击中，伤重而死。沙俄军队被围困五个多月，弹尽粮绝，死伤的人横躺竖卧，城堡再也坚守不下去了。
这时，沙皇政府正式出面，要求谈判，解决争端。康熙帝同意沙皇的请求，下令撤退围攻雅克萨的清朝军队。
公元1689年，清朝与沙俄政府通过谈判，在黑龙江的尼布楚正式签订了条约，在法律上规定了中俄两国东段的边界，确认了黑龙江流域广大土地为中国领土，沙俄军队退出雅克萨。这个条约，被称为《尼布楚条约》。
此后，康熙帝命令在黑龙江的战略要地建筑城堡，派兵驻守，设置驿站，制定了巡边制度，防止侵略者入侵。在相当长的时期内，保障了东北边境的和平安宁。