清末时期，太平天国运动爆发，此后的清朝是雪上加霜。太平天国在短时间内就将清朝的大半江山打败，此时的慈禧太后已经是坐不住了。清末时期，曾国藩组建了湘军，由此太平天国的势力大大减少。这样一来，太平天国的发展就走向了灭亡。
太平天国运动中，石达开肯定是必不可少的人物之一，他是太平天国的翼王。因此石达开手握兵权，是太平天国中举足轻重的人物。太平天国的转折点就在天京事变后，此后的太平天国一蹶不振，根本没有走向巅峰的机会了。公元1856年天京事变爆发，此后太平天国由盛转衰。
太平天国失败后，石达开有东山再起的想法，要说东山再起，石达开爷不是完全没有机会。只不过石达开在渡过大渡河的计划失败以后，已经是彻底的没有了机会。但此时的清政府对石达开想要网开一面，并不想杀死石达开，为了尽快让石达开投降，清政府派了杨应刚前去说服。
清政府为了表示诚意，将一些军粮带往石达开的军营中。在这时候，石达开最缺少的就是军粮，这样一来，石达开肯定是看到了清政府的诚意。对于清政府与石达开的谈判，史书则没有记载，但是民间流传了二种说法，可以根据这两种说法判断当时的情况。
首先，6000名太平军中有4000人回到原籍，他们立即将口粮和证件送回原籍。第二，剩下的2000人需要继续携带武器，跟随石达开的部下周扎福，从西马沟搬到大船堡。1863年6月10日，石达开第三次试图横渡大渡河，但失败了。面对清政府军和镇压他们的当地士兵，石达开心情沉重。
这种沉重包括对自己的无助，对未来的迷茫，对士兵安全的焦虑。为了避免被清政府军队欺负，石达开的三个妻子不想成为石达开的负担。石达开被护送到成都后，清军又跑到大树堡。其余1000人中，除300名老人和儿童外，均被清军杀害。之后，石达开被公开审查。他很大胆地说，他一句话也说不出来，是主审法官逼出来的。最后，石达开被凌池处死。
1863年6月27日，石达开在成都受审。在大会堂里，石达开发表了热情洋溢的讲话。据说主考官无言以对。但最终，石达开被判处死刑。在被砍了100多刀的过程中，石达开一句话也没说。这种令人敬畏的正义和坚强意志震惊了清军。现场所有的人都感动地叫他“怪人”。
石达凯被凌池杀死。当然，他的家人也受到牵连。当时，石达开有一个5岁的儿子，清政府“极为慷慨”，清政府的做法就是“其子石定忠，现年五岁，例监禁，俟及岁时照例办理”意思就是说等到养大了再凌迟处死，如果真的是这样处置的话，惨无人寰都无法形容清政府斩草除根的手段了。
对于石达开儿子的下落，可以推测出有两种。第一就是石达开的儿子被关押在监狱养着，但是在狱中总是哭闹不止，清军无法忍受，将其勒死在狱中；第二就是石达开的儿子由骆秉章抚养成人。还要可能是其他情况，在此不一一列举。