朱元璋晚年，开国功臣杀的杀，死的死，已是所剩无几，北方军事均以诸王主之，燕王朱棣、周王朱橚、代王朱桂、肃王朱楧等北方强藩手握明朝北方三分之二的兵力，他们拥兵自重，对明中央政府形成了巨大的威胁。
此时因朱元璋还在位，诸王都不敢有过分的举动，可是随着朱元璋的驾崩，朱允炆的登基，因诸王本就对朱元璋立自己的侄子为帝十分不满，再加上朱允炆自登基初就对诸王虎视眈眈，意图削弱他们的实力，所以明朝的中央政府开始直面诸王对于朝廷的威胁。
朱允炆未登基前，就对诸王所拥有的实力忌惮不已。《明史.列传第二十九》载:“惠帝为皇太孙时，尝坐东角门谓子澄曰：“诸王尊属拥重兵，多不法，奈何？”对曰：“诸王护卫兵，才足自守。倘有变，临以六师，其谁能支？汉七国非不强，卒底亡灭。大小强弱势不同，而顺逆之理异也。”太孙是其言”。当年朱允炆在跟随黄子澄学习的时候，他就问黄子澄“诸叔藩王皆拥重兵，如有变端，该如何？”，黄子澄答道“诸藩王仅只有护兵，最终只能自守，一旦他们敢动，朝廷完全可以以六师监之，到那时谁能抵挡？汉时，七国不可谓不强，可最后不还是被朝廷给灭了吗？大小强弱之势不同，而顺逆之理更相异啊”。
如此，在黄子澄、齐泰等人日日夜夜的“熏陶”下，朱允炆未登基前，就早已想好该如何解决地方藩王对于朝廷的威胁，那就是“削藩”。如此，1399年，朱允炆登基后，就立即开始了“削藩”的进程，因燕王朱棣势大，所以朱允炆先从与燕王较为亲近的较弱小的藩王下手，周、代、岷、湘、齐诸王先后被以各种罪名夺爵，湘王自焚，其余皆废为庶人。
在剪除了燕王的潜在盟友后，朱允炆令张昺为北平布政使，掌北平民政，谢贵、张信为掌北平都指挥使，掌北平军事，另令都督宋忠、徐凯、耿瓛屯兵开平、临清、山海关一带，同时调检燕府护卫军士，以此加强对燕王的掌控。
同年六月，朱允炆自认已是完全的掌控住朱棣，自认为已是万无一失，所以他开始对朱棣动手了，他先是命齐泰将燕王使臣邓庸下狱审讯，在得到朱棣谋反的罪状后，就开始发兵逮捕燕府官属，并密敕张信逮捕朱棣。可是在张信这里，朱允炆要对朱棣动手的事情被泄露，因张信是朱棣的旧部，所以张信在得知朝廷的意图后，就迅速的告知朱棣。
朱棣在得知消息后，七月就用计擒杀张昺、谢贵，然后又迅速命燕府护卫指挥张玉、朱能率兵乘夜攻夺北平九门，遂据北平。之后在占据北平不久，燕王朱棣就以尊祖训、诛“奸臣”齐泰、黄子澄，为国“靖难”为名，誓师出征，也就是正式起兵谋反。
而在朱棣昭告天下，自己要造反的时候，朱元璋其余的子嗣也是反应不一，或跟随造反，或保持中立，或支持朱允炆，终之是分为数派，相互不对付。
刚才也说了朱棣起兵造反，是在1399年七月，而在这个时候依旧拥有藩王身份的就只剩下楚王朱桢、蜀王朱椿、 肃王朱楧、庆王朱栴、韩王朱松、沈王朱模、安王朱楹、唐王朱桱、郢王朱栋、伊王朱、宁王朱权、辽王朱植、谷王朱橞等13王。
一、保持中立，两不相帮。
这类藩王有楚王朱桢、蜀王朱椿、 肃王朱楧、庆王朱栴等4位藩王。这几位藩王保持中立的原因，大多是因为年龄的问题，朱棣造反时，他们大多才二十几岁，这样的年龄大多都不喜欢参加政治斗争，哥哥同侄子打架，他们没必要参和。
楚王朱桢。朱元璋第六子，出生时恰逢平定武昌的捷报到来，朱元璋曰:“子长，以楚封之”，如此6岁时被封楚王，藩地武昌。1399年七月朱棣造反时，他按兵不动，拥兵自重，隔岸观火。
蜀王朱椿。朱元璋第十一子，7岁受封蜀王，19岁就藩成都。朱棣造反时，他28岁，史载:“博综典籍，容止都雅”，他生性儒雅，喜欢做学问，而不喜政治，再加上成都与江南相距较远，当朱棣与朱允炆争斗的时候，他秉持着两不相帮的原则，闭关自守，同时替明朝守卫着西南的门户，避免少数民族出现异动。
肃王朱楧。朱元璋第十四子，2岁受封汉王，14岁改封肃王，17岁就藩甘州，23岁迁藩兰州。朱棣造反时，他也才23岁，再加上他的封地兰州离江南更远，完全没必要参和争斗，躲在封地静观其变显然是最好的。
庆王朱栴。朱元璋第十六子，13岁封庆王，15岁就藩宁夏。朱棣造反时，他21岁，朱栴这人生性不喜欢争斗，所以叔侄相争时，他只是老老实实的镇守宁夏，两耳不闻窗外事。
二、没有藩地，谁也支持不了。
这类藩王主要有韩王朱松、沈王朱模、安王朱楹、唐王朱桱、郢王朱栋、伊王朱等6位藩王。这几位藩王虽都被封为王，但都因年龄的问题，未能就藩，而是一直留在南京，所以根本不能发表意见。
韩王朱松。朱元璋第二十子，11岁受封韩王，他本来是有藩地的，就是在辽东开原，但因为各种原因始终未能就藩，而是一直留在南京。
沈王朱模。朱元璋第二十一子，11岁受封沈王，直到永乐六年才有藩地，就藩于潞州。
安王朱楹。朱元璋第二十二子，9岁受封安王，直到永乐六年才有藩地，就藩于平凉。
唐王朱桱。朱元璋第二十三子，5岁受封安王，直到永乐六年才有藩地，就藩于南阳。
郢王朱栋。朱元璋第二十四子，3岁受封郢王，直到永乐六年才有藩地，就藩于安陆。
伊王朱。朱元璋第二十五子，3岁受封伊王，直到永乐六年才有藩地，就藩于河南。
三、明确站在朱允炆这边。
这类藩王有辽王朱植、谷王朱橞等2位。他们2位都曾明确表示过支持朱允炆，并听从朱允炆的命令。
辽王朱植。朱元璋第十五子，1岁封卫王，15岁封辽王，就藩广宁州。1399年朱棣造反时，朱允炆担心离朱棣不远且拥重兵的辽王朱植会支持朱棣，于是召朱植到南京，朱植接到诏令后，无条件服从建文帝的命令，后朱允炆见朱植如此识相，并未剥夺他的藩王位，同时将其封地被改为荆州。
谷王朱橞。朱元璋第十九子，12岁受封谷王，就藩宣府。1399年，朱棣造反后，在兵锋直指南京时，朱橞听从朱允炆的命令，带兵三千赴京师护卫金川门。当然，不久因朱允炆大势已去，他就开门南城，迎王纳降。
四、明确站在朱棣这边。
这类藩王只有宁王朱权一个。不过朱权最初是坚定的站在朱允炆这边的，但是不久因朱棣使用阴谋诡计占了他的宁国，且又被朱棣俘虏，后在朱棣“平分天下”的许诺后，就开始坚定的站在了朱棣这边。
宁王朱权。朱元璋第十七子，十三岁受封宁王，15岁就藩宁国。朱棣造反时，初朱权并没有与朱允炆过不去的心思，他一直对朝廷很恭顺。但是后来因被朱棣炸称有意投降朝廷，希望他代他向朝廷请罪的阴谋给夺走宁国，自己还被俘虏，再加上被俘后朱棣对朱权许诺，事成之后，平分天下，于是朱权就开始坚定的站在朱棣的这边。
总得说，1399年朱棣造反后，13位还拥有藩王身份的朱元璋子嗣大多都是秉持着两不相帮的态度，他们都不愿意参与到这场叔侄的争斗中，只是有封地的就老老实实的待在封地里，没有封地的就老老实实待在京城。而唯一追随朱棣的宁王主权还是被胁迫着造反的，其余两位支持朱允炆的也就只是遵从朱允炆的命令，但也未派大军与朱棣面对面的战斗，谷王朱橞虽派3000兵马协助朱允炆守城，但没过多久就投降了，算不算与朱棣作战。