事实上，蒙古和清朝曾进行了长达一百多年的战争。只是最后的结果是清朝胜利，三大蒙古全部臣服于清朝。明朝末年时，蒙古主体分为三大部分：大漠以南有16个蒙古部落、大漠以北有12个蒙古部落、大漠以西有5个蒙古部落。根据地理的划分，我们可以分别称它们为漠南蒙古、漠北蒙古、漠西蒙古，其中的漠南蒙古的林丹汗是成吉思汗黄金家族的直系后裔。
第一、清朝与漠南蒙古的战争
明朝万历年间，女真首领努尔哈赤（清太祖）统一了女真族各部，并在东北建立了后金汗国（清朝）。明朝为了打压反叛的努尔哈赤，一度想要扶持漠南的蒙古各部对抗后金。当时漠南蒙古之中，以察哈尔部的实力最为强大，林丹汗拥有精锐骑兵数万，对努尔哈赤构成了很大的威胁。努尔哈赤死后，其子皇太极改国号为清，开始全力对付漠南蒙古，并剪除明朝的外援。
公元1632年，皇太极从东北率兵远征内蒙地区，彻底击败了林丹汗的蒙古骑兵，迫使察哈尔部西迁青海一带。公元1634年，逃到青海地区的林丹汗患病而死。他死后，察哈尔部群龙无首，因此全部被皇太极所兼并。从那以后，漠南的16个蒙古部落全部臣服于女真族（满族）。明朝原本想依赖漠南蒙古牵制女真的计划因此落空，那些投靠女真的蒙古铁骑反过来成为了明朝的边患。
第二、清朝与漠北蒙古的战争
漠北蒙古共有12个部落，又称为喀尔喀蒙古，他们就是今天的蒙古人民共和国的祖先。漠北蒙古远离中原，以大漠以北的广袤地区（包含贝加尔湖）为主要牧地。当漠南蒙古逐渐被清朝所灭后，漠北蒙古认为受到了威胁，于是转而对清朝进贡称藩，并保持了一年一贡的惯例。
清朝入关以后，一直十分重视与漠北蒙古的关系，希望以此作为阻挡沙俄的一面屏障。直到清朝康熙年间，准噶尔汗国的军队开始攻击漠北蒙古各部。漠北蒙古并不愿意投靠北面的沙俄帝国，而是选择了投降清朝，请求庇护。清朝康熙30年（公元1691年），漠北蒙古各部首领与康熙皇帝通过“多伦诺尔会盟”，宣布归于清朝管辖。从这个时候开始，清朝才真正统治外蒙古地区（漠北蒙古游牧地）。
清朝在外蒙古地区（漠北蒙古）设置了乌里雅苏台将军，一直到清朝灭亡后，外蒙古才独立出去。在清朝所设置的13个地方将军之中，只有5个将军享有地域管辖权，他们分别是乌里雅苏台将军（管理外蒙）、黑龙江将军（管理黑龙江）、吉林将军（管理吉林）、盛京将军（管理辽宁）、伊犁将军（管理天山南北）。
第三、清朝与漠西蒙古的战争
相对漠北蒙古而言，漠西蒙古因为更加远离中土的战火，得以稳定地发展。漠西蒙古本来有5个部落，至清朝时已经只剩下4个。4部之中，准噶尔部落演变为了统治新疆、中亚的准噶尔汗国;和硕特部落演变为了统治青海、西藏的和硕特汗国。相对于漠南蒙古与漠北蒙古而言，漠西蒙古的实力要强得多，对清朝的威胁也更大。
和硕特汗国全盛时期据有青海、西藏等地，与清朝的关系较为友好。清世宗雍正时期，清朝派遣大将岳钟琪、年羹尧等人出兵占据青海，剿灭了叛乱的和硕特部落，但并没有消灭和硕特汗国。乾隆年间，准噶尔汗国从新疆攻击西藏，消灭了和硕特汗国最后的残余力量，并将新疆、西藏连在一起对抗清朝。至此，清朝面对的主要对手只剩下准噶尔汗国。
早在17世纪后半叶（康熙年间），准噶尔汗国的君主噶尔丹就勾结沙俄俄国进攻清朝，结果被康熙所败，退回西北。康熙在1690年的乌兰布通之战中击溃噶尔丹的10万大军，之后逐渐占领了漠北各地。噶尔丹自杀后，准噶尔部落建立的准噶尔汗国依然还存在，并长期与清朝敌对。直到清朝uutv5乾隆年间，准噶尔汗国陷入内乱，清朝才派出两路大军10余万人分取西北，将准噶尔汗国彻底消灭（乾隆收复新疆之战），并在那里设置了伊犁将军。至此，漠南、漠西、漠北三大蒙古全部臣服于清朝，清朝的版图也达到极盛。
谁说蒙古没有和清朝打仗，蒙古和清朝打了一百多年战争呢！
我国西北居住的蒙古部族分为漠南蒙古（又称内扎萨克蒙古）、漠北喀尔喀蒙古（又称外扎萨克蒙古）和漠西厄鲁特蒙古三部分。漠北喀尔喀蒙古又分为土谢图汗部、扎萨克图汗部和车臣汗部部。漠西厄鲁特蒙古又分为准格尔部、和硕特步和土尔扈特部。
在清入关前，漠南蒙古就已归附清，接受它的各种封号，并与之保持联烟关系。喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古各部，也与清关系密切。如喀尔喀的车臣、土谢图和扎萨克图三部领主，从崇德三年（1638年）起，每年向太宗皇太极献白驼一、白马八，称作“九白之贡”。青海厄鲁特蒙古的和硕特部部长顾实汗崇德二年也已向皇太极“通贡”，因此，喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古都早已和清朝维持着臣属的关系。
漠西厄鲁特蒙古的准尔部在17世纪中叶以后逐渐强盛起来。在噶尔丹统治时期时期，势力日强。好乐宝博客网康熙十六年，他出兵攻灭了移居青海地区的和硕特部。次年，又趁回部伊斯兰教派内部纷争，占领了天山南路的叶尔光等回城，还占据了哈密和吐鲁番，控制了河西走廊的西部，并不断干涉漠北蒙古的事务。噶尔丹为实现其割据一方的野心，遂与沙俄相勾结。不断占领蒙古其他部落地区
面对噶尔丹分裂势力的威胁，康熙帝三次亲征，剿灭噶尔丹势力，噶尔丹服毒自尽。蒙古各部回到原来的地方。
噶尔丹死后，其侄子又不断扩大势力，侵犯周边地区，也走上叛乱道路。清政府派兵征服，经过艰苦战斗，打败了噶尔丹侄子的势力。
噶尔丹的侄子死了后，他的儿子又不服从清政府命令，1729年，雍正帝派兵对其进行讨伐，这时候他开始请求罢兵和议，清政府同意。
乾隆时期，准格尔部内部又发生争斗，后来被乾隆帝平定了。
蒙古各部的叛乱一直断断续续一百多年，以后清朝在蒙古设置将军和参赞大臣，派兵驻守科布多、乌里雅苏台等地，加强了对蒙古的管理。