日本广泛流传着这样的传奇故事：“神风”在元朝时期曾两度施威摧毁蒙古入侵者的船舰，将日本从危难之中解救出来。此后数百年中，日本人一直对“神风”顶礼膜拜，还兴起了大规模拜神的活动。然而，最新考古发现指出：拙劣的造船工艺和船体设计是导致蒙古舰队葬身鱼腹的主要原因。
有考古学家表示：“很多蒙古战舰龙骨上的铆钉过于密集，甚至有时在同一个地方有五六个铆钉。这说明，这些肋材在造船时曾反复使用，而且很多龙骨本身质量就很低劣。”
据汉文史料记载，至元十一年(1274年)正月，忽必烈命令高丽王造舰900艘，其中可载千石或四千石大舰者300艘，由金方庆负责建造;拔都鲁轻疾舟(快速舰)300艘，汲水小船300艘，由洪茶丘负责建造。并规定于正月十五日动工，限期完成。六月，900艘军舰完工。
当时，造船业发达的中国江南及沿海地区尚未被忽必烈完全征服，部分地区仍在南宋军队的控制之下。所以，忽必烈不得不将造船的任务交给技术较为落后的高丽人。一方面，高丽对于造船很反感，认为元朝出兵日本肯定会要求高丽参战，这必将给高丽人带来沉重的负担。另一方面，让造船技术落后的高丽在如此短的时间内完成如此艰巨的任务实属难事。高丽人只得在匆忙间敷衍了事，这些舰船的质量也就可想而知了。
至元十八年(1281年)，蒙古军队的大多数战舰都是平底河船，采用了当时较为流行的水密隔舱设计，而此种战舰的结构并不适于航海作战。所谓水密隔舱，就是用隔舱板把船舱分成互不相通的一个一个舱区，舱数一般为8或13个。它大约发明于唐代，宋以后被普遍采用。虽然该结构便于船上分舱，有利于元军在航海途中进行军需品的管理和装卸，但是舱板结构取代了加设肋骨的工艺，简化了主体结构，削弱了船舶整体的横向强度。
当时有人还发现：战舰残骸的碎片没有一块超过3米，大多数碎片都在10厘米到1米之间。他据此推测，蒙古战船可能采用了类似新安古船的一种“鱼鳞式”船壳结构形式。其船壳板之间不是平接，而是搭接的。这种结构在巨浪的拍击之下容易碎裂。
还有研究认为，除了舰队拖后腿之外，蒙古人的后勤和装备也比不上日本人。